结论：劳动合同中约定“旷工一天扣三天工资”的做法，在大多数情况下是不合法的。
法律依据与解析
法律法规的明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款构成了判断扣罚工资行为合法性的基本法律框架。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，因此直接扣三天工资缺乏明确的法律依据。
法理角度的考量：
- 从公平合理原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，损害了劳动者的合法权益，也违背了权利义务对等的基本法理原则。
企业规章制度的合法性：
- 尽管某些用人单位的规章制度中可能规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，但这并不意味着该条款必然合法有效。规章制度的制定需通过民主程序，内容不得违反法律法规，且必须向劳动者公示或告知。即使满足这些条件，司法实践中也可能因过度惩罚而被视为不合理，从而不具备法律效力。
实际操作建议
协商解决：
- 如果劳动者遇到用人单位以“旷工一天扣三天工资”为由进行扣罚的情况，首先应与用人单位进行协商，表达自己的合法权益和诉求，尝试通过友好沟通解决问题。
法律途径维权：
- 如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、旷工记录等，以证明用人单位的扣罚行为缺乏合法依据。
了解自身权益：
- 劳动者应了解自己的合法权益，包括工资支付、工作时间、休息休假等方面的规定。在遇到类似纠纷时，能够迅速识别出用人单位的行为是否合法，从而采取适当的法律措施来维权。
特殊情况说明
- 如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了经济损失，且用人单位能够证明这一点，并有确凿的证据和合理的计算依据，那么用人单位可以要求劳动者赔偿相应的经济损失。但这种情况下，赔偿的扣除部分仍然需要遵守《工资支付暂行规定》中关于每月扣除比例和剩余工资不得低于最低工资标准的限制。
综上所述，劳动合同中约定“旷工一天扣三天工资”的做法在大多数情况下是不合法的。劳动者在遇到类似纠纷时，应了解自己的合法权益，并采取适当的法律措施来维权。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。