核心结论：两个单位同一个法人，付款给同一单位进行抵款的协议，关键在于明确协议主体、抵款事项、付款安排、权利义务及违约责任等内容。以下是一份协议的示例框架及要点说明，你可以根据实际情况调整和完善。

协议示例框架及要点：

1. 协议标题与双方信息

   • 标题：明确为“抵款协议”或类似名称。
   • 双方信息：分别列出两个付款单位（甲方、乙方）和收款单位（丙方）的全称、法定代表人（此处虽为同一人，但需分别列明）、注册地址、联系方式等。

2. 鉴于条款

   • 简要说明协议背景，如甲方、乙方与丙方之间存在业务往来，为简化结算流程，经友好协商，同意通过抵款方式结算部分款项。

3. 抵款事项

   • 详细描述抵款的具体事项，包括但不限于：
     • 抵款的金额：明确甲方、乙方各自应抵款的金额。
     • 抵款的依据：说明抵款是基于哪些合同、发票或业务往来。
     • 抵款的方式：如通过银行转账、承兑汇票等方式进行。

4. 付款安排

   • 明确付款的时间节点和方式，例如：
     • 甲方应在XX年XX月XX日前，将抵款金额XX元支付至丙方指定账户。
     • 乙方应在XX年XX月XX日前，将抵款金额XX元支付至丙方指定账户。
   • 若涉及分期付款，需详细列明每期的付款金额和时间。

5. 权利义务

   • 明确各方的权利和义务，如：
     • 甲方、乙方有义务按照协议约定的时间和金额进行付款。
     • 丙方有义务在收到款项后，按照约定提供相应的服务或商品，并开具合法的发票。
     • 各方应相互配合，提供必要的文件和资料，以便顺利完成抵款和结算流程。

6. 违约责任

   • 明确若任何一方违反协议约定，应承担的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
   • 违约金的金额或计算方式应具体明确，以便在发生争议时能够迅速确定责任。

7. 争议解决

   • 约定若发生争议，各方应首先通过友好协商解决；协商不成的，可提交至有管辖权的人民法院诉讼解决，或选择仲裁机构进行仲裁。

8. 其他条款

   • 包括协议的生效条件、变更和解除条件、保密条款等。
   • 确保协议内容完整、无遗漏，并符合相关法律法规的规定。

示例条款（以部分内容为例）：

“鉴于： 甲方、乙方与丙方之间存在业务往来，为简化结算流程，经友好协商，同意通过抵款方式结算部分款项。

一、抵款事项

1. 甲方应抵款的金额为人民币XX元，基于甲方与丙方签订的《XX合同》（合同编号：XX）。
2. 乙方应抵款的金额为人民币XX元，基于乙方与丙方签订的《XX合同》（合同编号：XX）。

二、付款安排

1. 甲方应在XX年XX月XX日前，将抵款金额XX元支付至丙方指定账户（账户信息：XX）。
2. 乙方应在XX年XX月XX日前，将抵款金额XX元支付至丙方指定账户（账户信息：XX）。

……（其他条款略）

本协议自各方签字（或盖章）之日起生效，一式三份，甲方、乙方、丙方各执一份，具有同等法律效力。”

在撰写协议时，务必确保所有条款均符合相关法律法规的规定，并充分考虑各方的利益和需求。如有需要，可以进一步向我咨询具体的法律条款和细节问题。