在换签公司主体合同协议时，需要加盖的是新公司的公章或者合同专用章，以确保合同的有效性和法律效力。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同主体的变更：

   • 当合同的一方主体（即公司）发生变更时，为了确保合同的连续性和有效性，需要重新签订一份合同或者签订一份补充协议，明确新的合同主体。
   • 在这份新合同或补充协议上，必须加盖新公司的公章或者合同专用章，以证明新公司对合同内容的认可和接受。

2. 公章与合同专用章的法律效力：

   • 公章：是公司权力的象征，具有最高的法律效力。在合同上加盖公章，代表公司对合同内容的全面认可和承担法律责任。
   • 合同专用章：是专门用于签订合同的印章，其法律效力与公章相同。在合同上加盖合同专用章，同样代表公司对合同内容的认可和承担法律责任。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 确保印章的真实性：在加盖印章前，务必确认印章的真实性和有效性，避免使用伪造或过期的印章。
   • 明确合同内容：在签订新合同或补充协议前，应仔细审查合同内容，确保双方的权利和义务得到明确和保障。
   • 保留相关证据：在签订合同过程中，应保留好所有相关的证据和文件，如合同草案、修改记录、双方沟通记录等，以备不时之需。

4. 可能涉及的法律后果：

   • 如果未加盖新公司的公章或合同专用章，而仅以个人名义或其他无效印章签订合同，可能导致合同无效或无法履行，给双方带来不必要的法律风险和经济损失。
   • 如果加盖的印章是伪造或过期的，同样可能导致合同无效，并可能涉及伪造印章等违法行为，承担相应的法律责任。

建议：在换签公司主体合同协议时，务必确保加盖的是新公司的公章或合同专用章，并仔细审查合同内容，保留好相关证据和文件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。