结论：父亲12年前因醉驾免于刑事处罚，一般情况下不会直接影响在职飞行员儿子的工作，但具体还需考虑航空公司内部规定、招聘及背景审查标准以及儿子职位的特殊性等因素。

分析说明：

1. 法律层面：

   • 醉驾免于刑事处罚，意味着父亲并未因醉驾行为受到刑事处罚，这在法律上不会形成直接的犯罪记录。
   • 根据我国现行法律，醉驾行为主要受到《中华人民共和国道路交通安全法》和《中华人民共和国刑法》的规制。若父亲仅因情节轻微等原因免于刑事处罚，其法律后果主要限于行政处罚（如罚款、吊销驾照等），并不涉及刑事犯罪记录的留存。

2. 航空公司规定：

   • 航空公司作为特殊行业，对员工的背景审查通常较为严格。但这种审查主要关注员工本人的犯罪记录、不良行为记录等，而非其家庭成员的犯罪记录。
   • 除非航空公司有特别规定，要求员工家庭成员无犯罪记录或特定类型的犯罪记录，否则父亲12年前的醉驾免于刑事处罚行为，一般不会成为儿子工作的障碍。

3. 招聘及背景审查标准：

   • 在招聘飞行员时，航空公司会进行全面的背景审查，包括但不限于学历、工作经历、健康状况、犯罪记录等。
   • 若儿子的背景审查中未涉及父亲的相关信息，或者航空公司未将家庭成员的犯罪记录作为审查标准，则父亲的行为不会对儿子的工作产生影响。

4. 职位特殊性：

   • 飞行员作为高度专业化的职业，其职位的特殊性可能要求更高的背景审查标准。但即便如此，这种审查也主要关注飞行员本人的素质和能力，而非其家庭成员的情况。
   • 除非有明确规定或特殊情况，否则父亲的行为不应成为儿子职业发展的障碍。

建议与行动：

• 了解航空公司规定：建议儿子主动了解所在航空公司的相关规定和招聘标准，特别是关于家庭成员犯罪记录的要求。
• 保持良好记录：儿子应继续保持良好的个人记录，包括无犯罪记录、良好的工作表现等，以维护自己的职业形象。
• 咨询与沟通：若儿子对航空公司的背景审查有疑虑或担忧，可以主动与航空公司的人力资源部门或相关部门进行沟通，了解具体情况和可能的解决方案。

特殊场景：

• 若航空公司有特别规定，要求员工家庭成员无犯罪记录或特定类型的犯罪记录，且父亲的行为符合这些特定类型，则儿子可能需要考虑与航空公司沟通或寻求其他职业机会。但这种情况较为罕见，且通常会在招聘时明确告知。

后续问题：

• 若儿子在职业发展过程中遇到因父亲行为而产生的具体障碍或问题，可以随时向我咨询，我将根据具体情况提供法律建议和帮助。