工伤三期鉴定费用一般由工伤保险基金支付，若单位未缴纳工伤保险，则由用人单位承担。以下是详细分析：
一、工伤保险基金支付的情况
根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤职工进行劳动能力鉴定（包括工伤三期鉴定，即停工留薪期、医疗期、康复期的鉴定）所需的费用，通常由工伤保险基金支付。这是工伤保险制度的一项基本内容，旨在保障工伤职工在遭受事故伤害或患职业病后，能够及时获得必要的医疗救治和康复服务，同时减轻用人单位的经济负担。
二、用人单位承担的情况
未缴纳工伤保险：如果用人单位未依法为职工缴纳工伤保险费，那么根据《工伤保险条例》第六十二条的规定，用人单位需要承担工伤职工进行劳动能力鉴定所需的费用。这是因为用人单位未履行法定义务，导致工伤职工无法享受工伤保险基金的支付待遇，因此应由用人单位自行承担相关费用。
鉴定结果改变后的费用承担：在极少数情况下，如果工伤职工对初次鉴定结论不服，申请再次鉴定或复查鉴定，且鉴定结果发生改变的，那么初次鉴定的费用可能由用人单位承担（具体根据地方规定执行，部分地区规定初次鉴定费用由工伤保险基金支付，无论结果是否改变）。而再次鉴定或复查鉴定的费用，则通常由申请方（即工伤职工或用人单位）预先支付，最终根据鉴定结果由责任方承担。不过，在大多数情况下，如果鉴定结果未发生改变，再次鉴定或复查鉴定的费用可能仍由工伤保险基金支付或由申请方自行承担（具体取决于地方规定）。但针对工伤三期鉴定这一特定情形，一般更侧重于初次鉴定的费用承担问题。
三、实际操作中的注意事项
保留相关票据：工伤职工在进行劳动能力鉴定时，应妥善保留相关票据和凭证，以便在申请支付鉴定费用时提供证明。
了解地方规定：由于不同地区的工伤保险政策和实施细则可能存在差异，因此工伤职工和用人单位在处理鉴定费用问题时，应了解并遵循当地的具体规定。
及时沟通协商：如果工伤职工和用人单位在鉴定费用承担问题上存在争议，应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。必要时，可以寻求劳动争议调解仲裁机构或法院的帮助。
建议：如果您或您所在的单位遇到工伤三期鉴定费用承担问题，建议首先查阅当地的工伤保险政策和实施细则，了解具体规定。如有需要，也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。