结论：厂里用员工名义合伙注册公司确实存在风险，这些风险主要体现在法律责任、公司管理以及员工个人权益等多个方面。以下是对这些风险的详细分析：
一、法律责任风险
名义股东与实际出资人的责任划分：
- 根据《公司法》及相关司法解释，名义股东（即员工）在公司登记机关登记为股东，若实际出资人（即厂里）未完全履行出资义务，名义股东可能需对公司债权人承担补充赔偿责任。这意味着，如果公司出现债务问题，员工可能因名义上的股东身份而被追责。
- 若名义股东未经实际出资人同意，擅自处分股权（如转让、质押等），给实际出资人造成损失的，名义股东需承担赔偿责任。这增加了员工因不当行为而面临法律诉讼的风险。
税务风险：
- 如果以员工名义注册公司，但实际控制权和收益权归厂里所有，那么在税务处理上可能存在模糊地带。例如，厂里可能通过员工账户进行资金往来，以规避税务监管，这种行为一旦被发现，将面临税务处罚，而员工也可能因涉及税务违法而承担责任。
二、公司管理风险
决策权与控制权分离：
- 以员工名义注册公司，但实际决策权和控制权在厂里手中，这可能导致公司治理结构混乱。员工作为名义股东，可能无法有效参与公司决策，甚至对公司运营一无所知，从而在公司出现问题时难以维护自身权益。
内部矛盾与纠纷：
- 如果员工与厂里之间存在利益冲突或意见不合，员工可能利用其名义股东的身份对公司运营进行干预，导致公司内部矛盾加剧，甚至引发法律纠纷。
三、员工个人权益风险
信用风险：
- 如果公司出现违法违规行为或债务问题，员工的个人信用记录可能受到影响。例如，员工可能因公司未按时履行还款义务而被列入失信被执行人名单，对其个人生活和工作造成不便。
职业风险：
- 如果员工因名义股东身份而卷入公司法律纠纷，可能对其职业生涯产生负面影响。例如，员工可能因涉及法律诉讼而失去其他工作机会或晋升机会。
四、建议与措施
明确权责关系：
- 厂里与员工之间应签订详细的协议，明确双方的权利和义务，包括出资义务、决策权、收益分配等。这有助于减少因权责不清而引发的法律纠纷。
完善公司治理结构：
- 即使以员工名义注册公司，也应建立完善的公司治理结构，确保公司决策和运营的透明度和合法性。这有助于保护员工和厂里的合法权益。
寻求专业法律意见：
- 在进行此类操作前，厂里和员工应共同寻求专业法律意见，确保操作合法合规，并充分了解可能面临的法律风险和后果。
作为魏子清律师，我建议您在处理此类问题时务必谨慎行事，确保所有操作都符合法律法规的要求。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。