若企业手续合法，但遭遇政府强拆，企业有权通过法律途径维护自身合法权益，具体可采取以下措施：
- 确认强拆行为的合法性
首先，企业应核实政府强拆行为是否具备合法依据。根据《行政强制法》和《城乡规划法》等相关规定，政府实施强拆需满足以下条件：
- 程序合法性：政府需依法作出强制执行决定，并书面催告企业履行义务；若企业仍不履行，政府应作出强制执行决定并送达。
- 实体合法性：强拆需基于公共利益需要（如城市规划调整、环保要求等），且企业确实存在违法建设或拒不履行行政决定等情形。
- 补偿安置：若强拆涉及征收，政府需依法给予合理补偿（如土地补偿、停产停业损失等）。
若政府强拆行为存在程序违法（如未催告、未送达决定书）或实体违法（如无合法依据、未补偿），企业可主张强拆行为无效。
- 及时收集并固定证据
企业应尽快收集以下证据，以证明自身手续合法及强拆行为的违法性：
- 企业手续文件：如土地使用权证、规划许可证、施工许可证、营业执照等，证明企业合法经营。
- 强拆现场证据：如照片、视频、证人证言等，记录强拆过程、财产损失情况。
- 政府文件：如强拆通知、决定书、催告书等，分析政府行为是否符合法定程序。
证据的完整性直接影响后续维权效果，企业务必重视。
- 通过法律途径维权
根据具体情况，企业可选择以下法律途径：
- 行政复议：向作出强拆决定的政府的上一级机关申请复议，请求撤销或确认强拆行为违法。
- 行政诉讼：直接向法院提起行政诉讼，要求法院判决确认强拆行为违法，并主张赔偿（包括财产损失、停产停业损失等）。
- 国家赔偿：若强拆行为被确认违法，企业可依据《国家赔偿法》申请国家赔偿，要求政府赔偿直接损失。
维权过程中，企业应注意诉讼时效（如行政诉讼需在知道强拆行为之日起6个月内提起），避免因超期丧失权利。
- 协商与调解
在法律程序之外，企业也可尝试与政府协商，争取合理补偿或解决方案。协商时需注意：
- 明确诉求：企业应基于自身损失和法律规定，提出合理的补偿要求。
- 保留协商记录：如书面协议、录音等，避免口头承诺无法兑现。
协商并非必经程序，但若能达成一致，可节省时间和成本。
总结：企业手续合法却遭遇强拆时，应首先确认强拆行为的合法性，及时收集证据，并通过行政复议、行政诉讼或国家赔偿等法律途径维权。必要时也可尝试协商，但需以法律为底线。若您需要进一步分析具体案情或制定维权策略，可直接向我咨询。