结论概述：没有土地承包经营权证的实际占有人能否主张排除妨害，需根据具体情况判断。若实际占有人能证明其合法占有状态，如基于合同、继承、赠与等合法原因占有土地，且妨害行为确实存在且非法，则有权主张排除妨害；若无法证明合法占有或妨害行为合法，则可能无法主张。

详细分析：

1. 合法占有的认定：

   • 基于合同：如果实际占有人与土地原承包人或相关权利人之间存在有效的土地流转合同（如租赁、转包等），且合同内容合法，那么实际占有人可以视为合法占有土地。在此情况下，若有人非法妨害其占有，实际占有人有权主张排除妨害。
   • 基于继承或赠与：如果实际占有人通过继承或赠与等合法方式获得了土地的相关权益，即使未办理土地承包经营权证，也可能被视为合法占有。但需注意，继承或赠与的合法性需得到法律认可，且可能涉及相关手续的办理。
   • 其他合法原因：如基于法院判决、政府征收等合法原因占有土地，同样可能被视为合法占有。

2. 妨害行为的认定：

   • 非法妨害：妨害行为必须是非法的，即没有法律依据或违反法律规定。如果妨害行为是合法的，如基于土地所有权人的正当权利行使，则实际占有人无法主张排除妨害。
   • 妨害事实的存在：实际占有人需要证明妨害行为确实存在，且对其占有状态造成了实质性的影响。这通常需要通过证据来证明，如现场照片、视频、证人证言等。

3. 排除妨害的请求权基础：

   • 物权法保护：根据《中华人民共和国民法典》中关于物权保护的规定，合法占有人有权对非法妨害其占有状态的行为提起排除妨害之诉。但需注意，由于《物权法》已废止，相关条款已纳入《民法典》中。
   • 合同保护：如果实际占有是基于合同关系，那么合同中的相关条款也可能成为其主张排除妨害的依据。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院会综合考虑实际占有人的占有状态、妨害行为的性质、证据的充分性等因素来判决是否支持排除妨害的请求。
   • 例如，如果实际占有人能够提供充分的证据证明其合法占有土地，且妨害行为确实存在且非法，那么法院很可能会支持其排除妨害的请求。

法律建议：

• 收集证据：如果您是没有土地承包经营权证的实际占有人，且认为有人非法妨害了您的占有状态，建议首先收集相关证据，如合同、继承文件、赠与协议、现场照片、视频、证人证言等。
• 咨询律师：在提起排除妨害之诉前，建议咨询专业律师，了解您的权利和义务，以及诉讼的可能结果和风险。
• 依法维权：在收集到充分证据并咨询律师后，您可以依法向法院提起排除妨害之诉，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果法院支持您的排除妨害请求，那么妨害人将被要求停止妨害行为，并可能承担相应的赔偿责任。
• 如果法院不支持您的请求，那么您可能需要继续忍受妨害行为，或者考虑通过其他方式解决纠纷，如协商、调解等。

如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。