农信机构对员工警告处分是否扣绩效工资，需结合具体规定和实际情况判断，一般存在两种情况：

1. 若农信机构规章制度明确规定警告处分与扣绩效工资挂钩
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位可依法制定规章制度，明确员工违规行为的处罚措施（包括警告、扣绩效等）。若农信机构的《员工手册》《绩效考核办法》等文件中明确规定“警告处分对应扣除一定比例或金额的绩效工资”，且该制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）、向员工公示或告知，则农信机构有权依据制度扣除绩效工资。
   例如：某农信机构规定“员工因违规操作被警告的，扣除当月绩效工资的20%”，若员工因违规被警告，机构可按此执行。

2. 若农信机构规章制度未明确规定，或规定与法律冲突
   若农信机构未在制度中明确警告与扣绩效的关联，或扣除比例明显不合理（如扣除全部绩效工资），则可能涉嫌违法。根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在员工造成经济损失时，可按劳动合同约定要求赔偿，且扣除部分不得超过当月工资的20%。若警告处分与经济损失无直接关联，或扣除比例超出法定限制，员工可主张机构违法扣薪。
   例如：员工因迟到被警告，但未造成机构损失，机构却扣除其全部绩效工资，员工可要求补发或通过劳动仲裁维权。

建议：

• 对员工而言，若被警告并扣绩效，可先查阅机构制度，确认扣除依据是否合法；若认为不合理，可与机构协商或向劳动监察部门投诉。
  
• 对农信机构而言，制定处罚制度时需明确依据、程序及比例，并通过合法程序公示，避免因制度瑕疵引发纠纷。
  

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