在破产重整程序中，当企业管理人申请对债权性质进行重新认定时，所涉及的诉讼费用计算主要依据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，并结合破产案件的特殊性来进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、案件受理费的计算
对于破产重整案件中管理人申请债权性质重新认定的诉讼，若该诉讼涉及财产权益的争议，则案件受理费将依据破产财产总额来计算。具体标准如下：
| 破产财产总额（万元） | 收费标准（元） |
|---|---|
| 不超过100 | 8,800 |
| 超过100至500的部分 | 按0.8%交纳 |
| 超过500至1,000的部分 | 按0.6%交纳 |
| 超过1,000至5,000的部分 | 按0.4%交纳 |
| 超过5,000至10,000的部分 | 按0.25%交纳 |
| 超过10,000至20,000的部分 | 按0.15%交纳 |
| 超过20,000至50,000的部分 | 按0.1%交纳 |
| 超过50,000至100,000的部分 | 按0.05%交纳 |
| 超过100,000的部分 | 按0.01%交纳 |
示例：若破产财产总额为300万元，则受理费计算为：8,800 + (300-100)×0.8% = 9,400元。
若该诉讼不涉及财产权益的争议，即属于非财产案件，则按照《诉讼费用交纳办法》规定的非财产案件受理费标准交纳。但需注意，非财产案件受理费标准通常不直接适用于破产重整案件中的债权性质重新认定诉讼，除非该诉讼本身不涉及任何财产权益的争议。
二、申请费及其他相关费用
申请费：在破产重整案件中，除了案件受理费外，还可能产生申请费等其他费用。这些费用的具体数额和计算方式通常由法院根据案件的具体情况来确定，并会包含在最终的诉讼费用通知中。
管理人报酬：虽然管理人报酬不属于法院费用，但它是破产重整过程中需要支付的重要费用之一。管理人报酬的计算通常基于债务人最终清偿的财产价值总额，并参照一定的比例范围来确定。具体比例由法院根据债务人最终清偿的财产价值总额的不同区间来规定。
公告费、鉴定费等：在破产重整过程中，还可能产生公告费、鉴定费、评估费等其他相关费用。这些费用的具体数额通常由实际发生的费用来确定，并由相关方（如债务人、债权人或管理人）承担。
三、特殊情况说明
对于破产重整企业管理人申请债权性质重新认定的诉讼，若该诉讼被法院认定为特别程序或简易程序，则诉讼费用可能会有所减免或调整。此外，若管理人能够提供充分的证据证明其申请具有合理性和必要性，且符合法院的相关规定，法院也可能在诉讼费用方面给予一定的优惠或支持。
四、建议
由于破产重整案件的复杂性和特殊性，建议管理人在申请债权性质重新认定前，先咨询专业律师或法律顾问的意见，以了解具体的诉讼费用计算方式和可能产生的其他费用。同时，管理人还应积极与法院沟通，了解法院对诉讼费用的具体要求和规定，以便更好地准备和应对诉讼。