针对强占水库保护区的土地问题，核心处理方式需结合法律程序与行政手段，具体分以下情况处理：

1. 立即制止侵权行为并固定证据
   根据《中华人民共和国水法》第六十九条及《水库大坝安全管理条例》第十五条，水库保护区土地受法律严格保护，任何单位或个人不得侵占。发现强占行为后，第一步应由水库管理单位或当地水行政主管部门（如水利局）现场制止，通过拍照、录像、书面通知等方式固定侵权证据。若对方拒不退出，可联系公安机关协助处理（依据《治安管理处罚法》第四十三条，强占行为可能涉及扰乱单位秩序或故意损毁财物）。

2. 行政处罚与责令恢复原状
   水行政主管部门可依据《水法》第六十九条对侵权人作出行政处罚：责令停止违法行为，限期拆除违法建筑物或恢复土地原状，并可处二万元以上十万元以下罚款。若涉及破坏水利设施（如堤坝、排水渠），还可能触发《刑法》第二百七十五条“故意毁坏财物罪”或第三百三十八条“污染环境罪”的刑事责任。

3. 民事赔偿与诉讼途径
   若强占行为导致水库功能受损（如水质污染、蓄水能力下降），水库管理单位或受益方（如周边农田灌溉户）可依据《民法典》第一千二百二十九条（环境污染和生态破坏责任）向法院提起民事诉讼，要求侵权人赔偿直接经济损失（如修复费用、灌溉收益损失）及生态修复费用。诉讼中需提供水质检测报告、土地权属证明、损失评估报告等证据。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若强占行为发生在水库保护区划定前（如村民长期耕种），需依据《土地管理法》第十四条“农村土地承包经营权”或《确定土地所有权和使用权的若干规定》处理，可能涉及补偿安置或土地权属调整，但不得以历史原因对抗现行保护区管理规定。
     
   • 政府征收项目：若强占系因政府征收程序违法（如未公告、未补偿），可依据《行政诉讼法》第七十条申请撤销征收决定，或通过《国家赔偿法》要求行政赔偿。

建议行动步骤：

1. 立即联系当地水利局或水库管理单位，报告侵权情况并要求现场处理；
   
2. 同步收集土地权属证明、侵权现场证据（如照片、视频）；
   
3. 若行政处理无果，可委托律师向法院提起行政诉讼（针对行政不作为）或民事诉讼（针对侵权赔偿）；
   
4. 涉及刑事犯罪的，向公安机关报案并提交证据材料。
   

提示：水库保护区土地涉及公共安全与生态平衡，法律对强占行为的处罚力度较大，建议优先通过行政途径快速制止侵权，再通过法律程序追究责任。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。