整机制造商若使用了侵犯商标权的零部件，需根据具体情况采取以下处理措施：

1. 立即停止使用并召回已售产品
   若制造商已发现或被权利人通知使用的零部件侵犯商标权，首要义务是立即停止使用该零部件，避免侵权行为持续。同时，需评估已组装并流入市场的整机数量，若可能对权利人造成进一步损害（如消费者误认来源），应主动召回产品或通知销售商停止销售。
   法律依据：根据《商标法》第五十七条，未经许可使用他人注册商标属于侵权行为，制造商需承担停止侵害的民事责任。

2. 核查侵权零部件的来源与主观过错
   制造商需调查侵权零部件的采购渠道，区分以下两种情形：

   • 明知或应知侵权：若制造商在采购时未尽合理审查义务（如未要求供应商提供商标授权文件），或以明显低于市场价采购，可能被认定为“故意侵权”，需承担更重的赔偿责任（包括权利人损失、合理维权费用等）。
     
   • 不知情且无过错：若制造商能证明已尽到合理审查义务（如查验供应商资质、要求提供商标注册证等），且无主观过错，可依据《商标法》第六十四条主张不承担赔偿责任，但仍需停止使用。
     关键证据：采购合同、供应商资质文件、商标授权证明、价格合理性分析等。

3. 与权利人协商或应对诉讼

   • 协商解决：制造商可主动联系权利人，协商赔偿金额或达成许可使用协议，以降低法律风险。
     
   • 应对诉讼：若权利人提起诉讼，制造商需在答辩期内提交证据（如上述核查材料），证明自身无过错或已停止侵权。若法院认定侵权成立，制造商可能面临赔偿、销毁侵权产品等判决。
     提示：即使制造商无过错，权利人仍可能要求其承担部分合理费用（如调查取证费用），需根据具体案情判断。

4. 完善内部合规流程
   为避免未来风险，制造商应建立严格的供应商审查机制：

   • 要求供应商提供商标注册证、授权文件或知识产权保证函；
     
   • 对高风险零部件（如知名品牌配件）进行抽检或第三方认证；
     
   • 在合同中明确知识产权侵权责任条款，约定违约赔偿。
     

总结：制造商需以“停止侵权”为核心，通过核查主观过错、固定证据、协商或诉讼应对，并完善合规流程降低风险。若涉及复杂案情（如跨国采购、多级供应商），建议进一步提供细节，我将结合具体场景分析。