预付款是否要用于支付农民工工资，需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
如果合同中有明确约定：预付款的用途应当遵循合同中的具体条款。若合同中明确规定了预付款的一部分或全部需用于支付农民工工资，那么建设单位或施工单位就必须按照合同约定执行，确保预付款及时、足额地支付给农民工。
如果合同中没有明确约定：则预付款的用途可能相对灵活，但并不意味着可以随意挪用。在这种情况下，仍需考虑法律法规的规定以及农民工的合法权益。
二、法律法规要求
根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，建设单位应当按照合同约定及时拨付工程款，并将人工费用足额拨付至农民工工资专用账户。这意味着，即使合同中没有明确约定预付款的用途，建设单位也有义务确保农民工工资得到优先支付。如果预付款中包含了人工费用部分，那么这部分费用应当专款专用，用于支付农民工工资。
三、实际操作建议
对于建设单位：在签订合同时，应明确预付款的用途，特别是要确保其中包含足够的人工费用，并约定将这部分费用直接拨付至农民工工资专用账户。在施工过程中，要加强对施工单位支付农民工工资情况的监督，确保工资按时足额发放。
对于施工单位：在收到预付款后，应按照合同约定和法律法规要求，优先支付农民工工资。如果预付款不足以支付全部工资，应及时与建设单位沟通，要求增加拨款或采取其他措施确保工资支付。
对于农民工：如果发现自己的工资未得到按时足额支付，可以向当地劳动保障监察机构投诉或举报。同时，也可以要求施工单位或建设单位出示相关付款凭证，以维护自己的合法权益。
四、法律后果
如果建设单位或施工单位未按照合同约定或法律法规要求支付农民工工资，可能面临法律责任，包括但不限于被责令限期支付、加付赔偿金、受到行政处罚等。在严重情况下，还可能构成拒不支付劳动报酬罪，面临刑事处罚。
总结来说，预付款是否要用于支付农民工工资，需根据合同约定和法律法规要求来判断。在实际操作中，建设单位和施工单位应加强对农民工工资支付的管理和监督，确保工资按时足额发放。如果遇到相关问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。