招标代理公司私自更改招标文书属于违法行为，可采取以下处理措施：

1. 立即提出异议并要求纠正
   若在招标过程中发现代理公司擅自修改招标文件（如资格条件、评标标准、合同条款等），应第一时间以书面形式向代理公司提出异议，明确指出修改内容违反《招标投标法》第19条（招标文件不得随意修改）及第23条（澄清或修改需在投标截止前15日通知所有投标人）的规定，要求其立即停止违法行为并恢复原文件内容。若代理公司拒不改正，可同步向招标人（业主单位）书面反映，推动招标人介入处理。

2. 向行政监督部门投诉或举报
   根据《招标投标法实施条例》第63条，招标代理机构若存在“擅自修改招标文件”等违法行为，由县级以上地方人民政府住房城乡建设、交通运输、水利等部门（根据项目性质确定监管部门）责令改正，可处10万元以下罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额5%-10%的罚款。
   操作建议：收集代理公司修改文件的证据（如修改前后的文件对比、沟通记录、证人证言等），向项目所在地的公共资源交易监督管理局或行业主管部门（如住建局、交通局）提交书面投诉材料，要求立案查处。

3. 评估是否影响中标结果并主张权利

   • 若修改导致中标结果无效：根据《招标投标法》第64条，若代理公司的违法行为“影响中标结果”，中标无效，招标人应重新招标。此时可向招标人或监管部门主张撤销中标结果，并要求赔偿因重新招标导致的损失（如投标费用、差旅费等）。
     
   • 若已签订合同：若在合同签订后发现代理公司擅自修改文件，可依据《民法典》第153条（违反法律强制性规定的合同无效）主张合同无效，或依据《招标投标法》第49条要求招标人承担违约责任（如合同条款与招标文件不一致时，以招标文件为准）。

4. 通过法律途径追究责任
   若代理公司的行为造成直接经济损失（如因修改资格条件导致投标人资格被否定、因评标标准修改导致中标人变更等），可向法院提起民事诉讼，要求代理公司赔偿损失（包括直接损失和可得利益损失）。同时，若其行为涉嫌构成《刑法》第223条“串通投标罪”的共犯（如与特定投标人勾结修改文件以帮助其中标），可向公安机关报案。

关键提醒：处理此类问题时需注意两点：

• 时效性：对招标文件修改的异议需在投标截止前提出（否则可能被视为接受修改）；对中标结果的异议需在公示期内提出。
  
• 证据固定：所有沟通记录、文件版本、证人联系方式等均需留存原件或电子存证，避免因证据不足导致维权困难。
  

如有具体文件修改内容或操作细节需要分析，可进一步向我提供材料，我会结合实际情况给出更精准的建议。