融资租赁逾期还清后扣车一般是不合法的，但具体是否合法需结合合同约定及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确合法约定：
- 若融资租赁合同中明确规定了承租方逾期支付租金时出租方有权扣车的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么在承租方逾期的情况下，出租方依据合同约定扣车，在合同约定的范围内具有合法性。但一旦承租方还清逾期租金及可能产生的违约金等费用后，出租方继续扣车则缺乏合同依据，属于违法行为。此时，承租方有权要求出租方返还车辆，并赔偿因非法扣车造成的损失。
合同无约定或约定不合法：
- 若合同中没有相关扣车约定，或约定违反法律法规（如约定出租方在承租方轻微逾期时即可直接扣车，且未给予承租方合理的补救期限或通知义务等），则出租方的扣车行为可能构成侵权。在承租方还清逾期款项后，出租方更无理由继续扣车，否则应承担相应的法律责任。
二、法律法规角度
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，出租方在行使权利时应当遵循合法、合理、公平的原则，不得损害承租方的合法权益。在承租方已经还清逾期款项的情况下，出租方继续扣车可能构成对承租方财产权的侵害，承租方有权通过法律途径维护自身权益，如提起诉讼或申请仲裁，要求出租方返还车辆并赔偿损失。
三、实际操作建议
承租方：
- 在融资租赁合同签订前，应仔细审查合同条款，特别是关于逾期支付租金及扣车等事项的约定，确保自身权益得到充分保障。
- 一旦发生逾期情况，应积极与出租方沟通，提出解决方案，如立即支付逾期租金及违约金等，以避免车辆被扣。
- 若车辆已被扣且已还清逾期款项，应及时与出租方协商要求返还车辆，并保留好相关证据（如还款记录、沟通记录等），以备不时之需。
出租方：
- 在制定融资租赁合同时，应确保合同条款合法、合理、公平，避免设置过于苛刻的扣车条款。
- 在承租方逾期时，应首先通过合法途径（如发送催款通知、协商等）要求承租方支付逾期款项，而非直接扣车。
- 若承租方已还清逾期款项，应及时返还车辆，避免因非法扣车而承担法律责任。
总结来说，融资租赁逾期还清后扣车一般是不合法的。承租方和出租方均应遵循法律法规和合同约定，通过合法途径解决纠纷，以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。