当面对一个案件中存在两个违法行为人的情况时，关于如何立案和确定案由，这是一个涉及法律程序的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、如何立案

1. 分别立案原则：

   • 在大多数情况下，如果两个违法行为是相互独立的，即它们之间不存在直接的关联或依赖关系，那么应当分别对每个违法行为进行立案处理。这意味着，即使两个违法行为是由同一人或同一组人所为，只要它们在法律上是独立的，就应当分别立案。
   • 例如，如果甲和乙共同涉嫌盗窃和诈骗两种犯罪行为，且这两种行为在法律上是独立的，那么应当对甲和乙的盗窃行为分别立案，同时对他们的诈骗行为也分别立案。

2. 合并立案的特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，如果两个违法行为之间存在紧密的关联或属于同一案件的不同方面，且合并处理有助于案件的全面审理和公正裁决，那么可以考虑合并立案。但这种情况较为少见，且需要具体根据案件事实和法律规定来判断。
   • 合并立案的前提是两个违法行为必须基于同一事实或同一法律关系。例如，如果甲和乙共同实施了一系列相互关联的诈骗行为，这些行为构成了一个整体的诈骗案件，那么可以考虑合并立案。

3. 遵循法定程序：

   • 无论选择分别立案还是合并立案，都必须严格遵循法定的立案程序。这包括提交立案材料、审查立案条件、作出立案决定等步骤。
   • 立案机关在收到立案材料后，应当及时进行审查。如果认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，应当作出立案决定；如果认为没有犯罪事实或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任的，则不予立案。

二、如何确定案由

1. 根据违法行为的性质确定：

   • 案由应当准确反映违法行为的性质和特点。对于每个独立的违法行为，都应当根据其性质确定相应的案由。
   • 例如，对于盗窃行为，案由可以确定为“盗窃案”；对于诈骗行为，案由可以确定为“诈骗案”。如果两个违法行为人分别实施了盗窃和诈骗行为，那么就应当分别确定为“甲盗窃案”、“乙诈骗案”等。

2. 考虑违法行为的关联性和整体性（在合并立案时）：

   • 如果两个违法行为之间存在紧密的关联或属于同一案件的不同方面，且已经决定合并立案，那么在确定案由时可以考虑它们的整体性和关联性。但通常情况下，为了清晰明了地反映每个违法行为的性质，还是会分别确定案由，并在案由中注明它们之间的关联。
   • 例如，如果甲和乙共同实施了一系列相互关联的诈骗行为，且已经决定合并立案，那么案由可以确定为“甲、乙共同诈骗案”，同时在案件描述中详细说明诈骗行为的具体情况和关联。

3. 遵循法律规定和司法实践：

   • 确定案由时必须严格遵循相关的法律规定和司法实践。不同的法律领域和案件类型可能有不同的案由确定标准和规范。
   • 在实际操作中，可以参考类似案件的案由确定方式，以确保案由的准确性和一致性。同时，也可以咨询专业律师或法律机构的意见，以获取更准确的指导。

综上所述，当一个案件中存在两个违法行为人时，应当根据违法行为的独立性和关联性来决定是否分别立案或合并立案，并根据违法行为的性质来确定案由。在处理过程中，必须严格遵循法定的立案程序和案由确定标准，以确保案件的合法性和公正性。