结论：是否违法不能一概而论，需要结合具体情况来判断，以下从不同角度为你分析：
从资金性质和来源角度
- 若两笔资金均涉及违法所得
- 例如，这两笔资金都是通过诈骗、盗窃等非法手段获取的。一笔已经受到处罚，另一笔另外处理，如果这种“另外处理”是逃避法律制裁、不依法上缴等行为，那么显然是违法的。因为对于违法所得，法律要求应当依法予以追缴、没收等处理，不能私自处置。
- 假设某人通过诈骗获得两笔资金，第一笔被公安机关查处并责令退赔给受害人，第二笔他试图藏匿起来或者转移到他人名下以逃避处罚，这就违反了法律规定，可能会面临更严厉的刑事处罚，如诈骗罪情节加重等。
- 若两笔资金性质不同
- 一笔是违法所得，已经按照法律规定进行了处罚，比如罚款、没收等；另一笔是合法收入，只是因为某些原因与违法资金混在一起被调查。这种情况下，对合法收入按照正常程序处理，比如说明资金来源、提供相关证明等，是不违法的。
- 例如，一个人经营一家企业，其中一笔资金是企业违法排污被罚款的款项，已经缴纳了罚款；另一笔是企业正常的销售收入，在税务等部门调查时，企业如实提供销售合同、发票等证明材料，按照税收法规纳税等，这种处理就是合法的。
从处理程序和主体角度
- 处理程序违法
- 即使两笔资金本身性质不违法，但如果处理程序不符合法律规定，也可能是违法的。比如，对资金进行查封、扣押、冻结等措施时，没有按照法定程序出示相关法律文书、没有告知当事人权利义务等。
- 假设执法部门在调查一起经济案件时，对当事人的两笔资金进行冻结，但没有出具冻结通知书，也没有告知当事人冻结的原因和期限等，这种处理程序就是违法的，当事人有权提出异议并要求解除冻结等。
- 处理主体不合法
- 只有具有法定职权的部门和人员才能对资金进行处理。如果非法定主体对资金进行处理，无论资金性质如何，都是违法的。
- 例如，一些民间组织或者个人，没有经过法律授权，擅自对他人的资金进行扣押、分配等行为，这是严重违法的，可能会构成侵占罪、非法拘禁罪（如果涉及限制人身自由等情况）等。
从后续影响和责任角度
- 若处理不当引发新的违法后果
- 如果对另一笔资金的处理方式导致了其他违法后果，比如侵犯了他人的合法权益、破坏了市场秩序等，那么这种处理行为就是违法的。
- 例如，在对一笔资金进行分配时，没有按照法定顺序和比例进行，导致部分债权人的权益受到损害，这种分配行为就可能违法，受损的债权人可以通过法律途径要求重新分配或者赔偿损失。
- 涉及行政责任或刑事责任
- 如果上述违法处理资金的行为情节严重，可能会面临行政责任或者刑事责任。行政责任可能包括罚款、警告、没收违法所得、责令停产停业等；刑事责任则可能涉及不同的罪名，如贪污罪、挪用资金罪、职务侵占罪等，具体取决于行为的性质和情节。
建议：如果你面临这种情况，建议你详细梳理两笔资金的具体情况，包括资金来源、性质、处理过程等，并保留好相关证据。如果有疑问或者担心处理不当，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和解决方案。