村干部私自扣留农民土地流转款是违法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与规定
土地流转款的性质：土地流转款是农民因土地流转而应获得的合法收益，属于农民的私有财产。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公民的合法的私有财产不受侵犯，任何组织或者个人不得侵占、哄抢、破坏。
村干部的职责与权限：村干部作为基层自治组织的成员，其职责是服务村民，管理村务，但并无权力私自扣留或处置村民的财产。村干部的行为必须遵守法律法规，不得超越其职权范围。
违法行为的认定
私自扣留行为：如果村干部未经农民同意，私自扣留土地流转款，这明显侵犯了农民的财产权，属于违法行为。
可能的法律后果：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果村干部的扣留行为情节严重，可能构成侵占罪或贪污罪（如果村干部利用职务之便），将面临刑事处罚。即使情节较轻，不构成犯罪，也可能受到行政处罚或民事赔偿的责任。
农民的维权途径
协商解决：农民可以首先尝试与村干部进行协商，要求其归还被扣留的土地流转款。
投诉举报：如果协商无果，农民可以向乡镇政府或相关部门进行投诉举报，要求政府介入调查并处理。
法律诉讼：如果投诉举报仍未得到解决，农民可以向人民法院提起诉讼，要求村干部归还被扣留的土地流转款，并可能要求赔偿因此造成的损失。
特殊情况与注意事项
合同约定：如果土地流转合同中有特别约定，如村干部在特定条件下有权扣留部分款项作为管理费等，那么需要按照合同约定来处理。但这种情况必须是在农民明确同意且合同内容合法的前提下。
证据收集：农民在维权过程中，应注意收集相关证据，如土地流转合同、转账记录、村干部扣留款项的书面证据等，以便在需要时提供证明。
总结与建议：村干部私自扣留农民土地流转款是违法的，农民有权要求归还并可能要求赔偿。在维权过程中，农民应了解自己的权益和维权途径，积极收集证据，必要时寻求法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律服务。