结论：合同是否有效，需根据具体情况判断，主要看双方是否实际履行且无异议，以及是否存在其他导致合同无效的情形。
详细分析：
合同主体变更与合同效力：
- 框架协议与后续补充协议中甲方和乙方反了，这本质上属于合同主体的变更。合同主体的变更并不必然导致合同无效，关键在于双方是否就变更后的主体达成了合意，并且是否按照变更后的主体实际履行了合同。
- 如果双方均认可补充协议中的主体变更，并且已经按照变更后的主体实际履行了合同，那么合同是有效的。因为合同的效力主要取决于双方的真实意思表示以及合同的履行情况。
实际履行与合同效力：
- 合同的效力不仅仅取决于合同的书面形式，更重要的是双方的实际履行情况。如果双方已经按照补充协议中的主体变更进行了实际履行，且没有提出异议，那么可以视为双方对合同主体的变更达成了合意，合同因此具有法律效力。
- 例如，如果甲方按照补充协议中的约定向变更后的乙方支付了款项，乙方也接受了款项并提供了相应的服务或商品，那么这就构成了双方对合同主体变更的实际认可，合同因此有效。
其他导致合同无效的情形：
- 除了合同主体的变更外，还需要考虑是否存在其他导致合同无效的情形，如合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者合同存在欺诈、胁迫等情形。
- 如果补充协议中的主体变更并不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方是在平等、自愿的基础上达成的合意，那么合同就是有效的。
法律建议：
- 如果双方对合同主体的变更存在争议，或者担心合同效力问题，建议及时咨询专业律师，通过法律途径确认合同的效力。
- 在签订补充协议时，应明确约定合同主体的变更情况，并确保双方对变更后的主体达成合意，以避免后续产生纠纷。
- 如果已经按照变更后的主体实际履行了合同，且没有提出异议，那么可以视为双方对合同主体的变更达成了合意，合同因此具有法律效力。但为了保险起见，建议双方还是签订书面的变更协议，以明确双方的权利和义务。
可能后果：
- 如果合同被认定为无效，那么双方可能需要承担返还财产、赔偿损失等法律责任。因此，在签订和履行合同过程中，应谨慎对待合同主体的变更问题，确保合同的合法性和有效性。
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