针对您提出的“二拍流拍后申请人同意以物抵债但债务人不同意怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律框架与基本原则
首先，我们需要明确的是，在司法拍卖流拍后，以物抵债并非完全依赖于债务人的同意。这一过程主要受到《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》等法律法规的调整。根据这些规定，法院在执行程序中，有权根据拍卖结果和申请执行人的申请，依法裁定以物抵债。
二、二拍流拍后的处理流程
拍卖流程回顾：
- 首次拍卖流拍后，通常会降价进行第二次拍卖（即二拍）。
- 若二拍仍然流拍，法院会考虑进一步的处理方式，包括但不限于再次降价拍卖、变卖或以物抵债。
以物抵债的申请与裁定：
- 在二拍流拍后，如果申请执行人同意接受该财产作为履行债务的方式，并向法院提出以物抵债的申请，法院会依法进行审查。
- 如果法院认为以物抵债符合相关法律规定和程序要求，且不会损害其他债权人的合法权益，法院可以裁定以物抵债，而无需债务人同意。
三、债务人不同意以物抵债的处理
债务人的权利：
- 债务人确实有权对以物抵债提出异议，但这并不意味着债务人可以单方面阻止以物抵债的裁定。
- 债务人可以在拍卖过程中通过提交足额金钱清偿债务等方式来维护自己的权益，但这需要在拍卖日之前向法院提出。
法院的裁定与执行：
- 如果法院裁定以物抵债，且该裁定符合法律规定和程序要求，债务人需要遵守并配合执行。
- 如果债务人拒绝配合执行，法院有权采取强制执行措施，包括但不限于查封、扣押、拍卖债务人的其他财产等。
其他解决途径：
- 如果债务人不同意以物抵债，且法院认为再次拍卖或变卖可能更有利，法院可以继续尝试通过其他方式处置该财产。
- 债务人还可以与申请执行人协商其他偿债方式，如延期还款、分期偿还等，以达成双方都能接受的解决方案。
四、实际操作中的注意事项
严格遵守法律程序：
- 在处理以物抵债问题时，必须严格遵守相关法律法规和程序要求，确保程序的合法性和公正性。
充分沟通协商：
- 尽管债务人不同意以物抵债并不直接阻止法院的裁定，但双方之间的充分沟通和协商仍然是非常重要的。通过协商，可能找到更符合双方利益的解决方案。
保护债务人合法权益：
- 在执行过程中，法院会充分考虑债务人的合法权益，确保以物抵债的裁定不会损害债务人的基本生活需求和其他合法权益。
综上所述，二拍流拍后申请人同意以物抵债但债务人不同意时，法院会根据相关法律法规和程序要求进行审查并作出裁定。债务人虽然有权提出异议，但无法单方面阻止以物抵债的裁定。在处理此类问题时，应严格遵守法律程序，充分沟通协商，并保护债务人的合法权益。