工程塔吊连续两年未登记的处罚需结合具体情形判断，主要涉及行政处罚，严重者可能承担刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚依据及后果
   根据《特种设备安全法》第八十三条，使用未登记的特种设备（含塔吊）的，监管部门可责令限期改正；逾期未改的，责令停止使用并处1万元至10万元罚款。若塔吊属于《特种设备目录》内设备（如额定起重力矩≥40t·m的塔式起重机），则必须登记；未登记即属违法。
   关键点：处罚分两步——先责令整改，拒不整改才罚款；罚款幅度与设备危险性、违法情节相关。

2. 情节严重时的刑事风险
   若未登记塔吊存在重大安全隐患（如结构老化、安全装置失效），且因未登记导致监管缺失，最终引发重大事故（如坍塌、人员伤亡），可能构成《刑法》第一百三十四条的重大责任事故罪，责任人可处3年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处3-7年有期徒刑。
   典型案例：2021年某工地因未登记塔吊超期服役导致倾覆，项目经理被以重大责任事故罪判刑2年。

3. 其他潜在责任

• 民事赔偿：若事故造成第三方损害，使用单位需承担侵权赔偿责任；
  
• 信用惩戒：违法信息可能纳入企业信用记录，影响招投标等经营活动；
  
• 停业整顿：监管部门可责令停产停业，直至隐患消除。

建议行动：

1. 立即停止使用未登记塔吊，向当地市场监管部门申请补办登记；
   
2. 委托专业机构检测设备安全性，确保符合《建筑施工塔式起重机安装、使用、拆卸安全技术规程》；
   
3. 完善内部安全管理制度，避免同类问题复发。
   

如需进一步分析具体案件中的责任划分或处罚减免可能性，可直接向我咨询细节。