针对您提出的关于国有林地在2000年以前是否有林权，以及村里后来办理的村集体所有证是否合法的问题，我将结合相关法律法规和政策进行详细解答。
一、关于2000年以前国有林地的林权问题
林权，作为一种财产权，主要包括所有权和使用权。在我国，林地所有权分别归国家和集体所有。国有林地，即所有权归国家的林地，其使用权可以依法确定给单位或个人使用。因此，在2000年以前，国有林地就已经存在林权的概念，只不过那时的林权管理可能不如现在规范，且具体的登记发证制度可能尚未完善。但无论如何，国有林地的所有权始终属于国家，这一点是明确的。
二、关于村里后来办理的村集体所有证是否合法的问题
林权登记发证的基本原则：
- 林权登记发证是由不动产登记机构依据相关法律法规规定的程序进行的，旨在确认林地林木权属关系，保护权利人的合法权益。
- 办理林权证需要满足一定的条件，包括提交完整的申请材料、经过严格的审查程序等。
村集体所有证的合法性判断：
- 如果村里办理的村集体所有证是基于合法的承包或流转程序，且经过了不动产登记机构的依法登记发证，那么该证书是合法的。
- 然而，如果村里在办理村集体所有证时，未遵循相关法律法规规定的程序，如未进行地籍调查、未解决权属纠纷、未提交完整的申请材料等，或者该林地实际上属于国有林地而非集体所有，那么该证书可能是不合法的。
具体分析：
- 您提到“国有林地”，如果该林地确实属于国有，那么村里办理的村集体所有证显然是不合法的，因为国有林地的所有权不能随意转变为集体所有。
- 如果该林地原本就是集体所有，且村里在办理村集体所有证时遵循了相关法律法规规定的程序，那么该证书是合法的。
三、建议
核实林地权属：
- 您可以通过查询当地的不动产登记档案或咨询林业主管部门，核实该林地的实际权属情况。
审查办理程序：
- 如果村里已经办理了村集体所有证，您可以要求村里出示相关的办理程序和申请材料，以判断其是否合法。
寻求法律帮助：
- 如果您对村集体所有证的合法性存在疑问，或者认为该证书侵犯了您的合法权益，您可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。
综上所述，国有林地在2000年以前就已经存在林权的概念，但具体的登记发证制度可能尚未完善。村里后来办理的村集体所有证是否合法，取决于该林地的实际权属情况以及办理程序是否符合相关法律法规的规定。如果您对此存在疑问，建议核实林地权属、审查办理程序，并在必要时寻求法律帮助。