公司账户被保全冻结后，税务局在特定情况下仍有权从中扣税，但实际操作需依据账户冻结的具体情况、相关法律规定及税务机关的决策。以下是对此问题的详细分析：
一、账户冻结对扣税的一般影响
公司账户被冻结后，资金进出受到限制，通常无法正常进行扣税操作。企业的税款缴纳通常依赖于与税务机关约定的银行账户进行自动划转或企业主动发起转账，而账户冻结会阻断这一流程。然而，这并不意味着税务局完全无法扣税，具体情况需具体分析。
二、税务局扣税的特殊情况
部分冻结：
- 若账户仅为部分冻结，且未被冻结的资金足够支付税款，经相关银行和税务机关沟通协调，有可能实现扣税。
全额冻结但存在其他缴税途径：
- 企业可向税务机关说明情况，寻求其他缴税方式，如通过现金缴纳（部分税务机关允许）或申请使用企业名下其他正常银行账户进行税款划转。
税务机关依法扣缴：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十八条的规定，若纳税人在限期内未缴纳税款，税务机关有权书面通知开户银行或其他金融机构从冻结的存款中扣缴税款。
三、冻结资金的处理
高于冻结金额的部分：
- 若公司银行账户存款高于被冻结金额，则高于冻结金额的部分资金公司可自由支配，税务局可对这部分资金进行税款扣缴。
全额冻结：
- 若账户中的存款余额全部被冻结，且公司未能在限期内缴纳税款，税务机关可依法通过通知银行，从冻结的存款中直接扣缴税款。
四、公司的应对措施与建议
积极配合税务机关：
- 公司应积极配合税务机关的扣税工作，确保税款及时、足额缴纳，以减少税务风险。
及时沟通协商：
- 在账户被冻结影响扣税时，公司应及时与税务机关和相关银行沟通，寻求解决方案，如申请延期缴纳税款、提供其他缴税方式等。
了解冻结原因并申请解冻：
- 公司应迅速查明账户冻结的具体原因，并与开户银行或相关执法机构沟通，了解冻结通知及理由说明。若认为冻结不当或已解决相关问题，可申请解冻账户以恢复正常的资金流动和扣税操作。
寻求法律支持：
- 若账户冻结涉及法律纠纷或公司对税务机关的扣税行为有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。在此过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。
五、法律依据
- 《中华人民共和国税收征收管理法》第三十八条：
- 税务机关有根据认为从事生产、经营的纳税人有逃避纳税义务行为的，可以在规定的纳税期之前，责令限期缴纳应纳税款；在限期内发现纳税人有明显的转移、隐匿其应纳税的商品、货物以及其他财产或者应纳税的收入的迹象的，税务机关可以责成纳税人提供纳税担保。如果纳税人不能提供纳税担保，经县以上税务局（分局）局长批准，税务机关可以采取下列税收保全措施:
- （一）书面通知纳税人开户银行或者其他金融机构冻结纳税人的金额相当于应纳税款的存款；
- （二）扣押、查封纳税人的价值相当于应纳税款的商品、货物或者其他财产。
- 纳税人在前款规定的限期内缴纳税款的，税务机关必须立即解除税收保全措施；限期期满仍未缴纳税款的，经县以上税务局（分局）局长批准，税务机关可以书面通知纳税人开户银行或者其他金融机构从其冻结的存款中扣缴税款，或者依法拍卖或者变卖所扣押、查封的商品、货物或者其他财产，以拍卖或者变卖所得抵缴税款。
综上所述，公司账户被冻结后，税务局在符合法律规定的情况下仍可从账户中扣税。公司应了解相关法律规定，积极与税务机关和银行沟通协作，以确保税收的及时缴纳并降低税务风险。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。