借款合同一般由出借人持有，但在特定情况下也可能由借款人持有或双方各执一份。以下是对这一问题的详细分析：

1. 常规情况：

   • 在大多数民间借贷或商业贷款场景中，借款合同是证明借贷关系存在及双方权利义务的重要法律文件。通常情况下，出借人会保留借款合同的原件，作为其出借资金、借款人承诺还款的凭证。这样做有助于出借人在需要时，如借款人违约时，通过法律途径维护自己的权益。

2. 特殊情况：

   • 借款人持有合同：在某些情况下，如借款人需要凭借借款合同办理相关手续（如抵押登记），或者出借人出于信任或其他原因将合同交给借款人保管，借款人可能会持有借款合同。但这并不改变合同本身的法律效力和双方的权利义务关系。
   • 双方各执一份：为了保障双方的权益，避免纠纷，双方也可以协商各执一份借款合同的原件。这样做有助于双方在发生争议时，都能提供有力的证据支持自己的主张。

3. 法律建议：

   • 保留证据：无论借款合同由谁持有，双方都应妥善保管好合同原件及相关凭证（如转账记录、收条等），以备不时之需。
   • 明确约定：在签订借款合同时，双方应明确约定合同的保管方式、违约责任等条款，以减少后续纠纷的可能性。
   • 法律途径：如果因借款合同保管问题发生争议，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

4. 可能后果：

   • 如果借款合同丢失或损坏，且无法提供其他有效证据证明借贷关系存在及双方权利义务，可能会导致出借人难以维护自己的权益，如无法追讨借款或要求借款人承担违约责任。
   • 如果借款人恶意持有或销毁借款合同，并试图逃避还款责任，出借人可以通过法律途径追究借款人的法律责任，并要求其承担因此造成的损失。

总结来说，借款合同的保管方式应根据双方的实际情况和约定来确定。无论由谁持有，双方都应妥善保管好合同及相关凭证，并明确约定相关条款以减少纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。