企业对违章的员工罚款在大多数情况下是不合法的。以下是对这一问题的详细解答：

一、企业罚款员工的非法性依据

1. 法律未赋予企业罚款权力：

   • 自2008年1月15日《企业职工奖惩条例》被废止后，我国法律并未明确赋予企业对员工进行罚款的权力。罚款作为经济处罚措施，涉及公民财产权的剥夺，必须严格由法律、法规和规章设定。企业并非行政机关，不具备法律授予的罚款权力。

2. 规章制度需经民主程序：

   • 企业内部规章制度若要对员工产生约束力，必须通过民主程序制定，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或者职工代表平等协商确定。未经此程序制定的罚款制度，不能作为处罚员工的依据。

3. 罚款可能损害员工权益：

   • 如果企业罚款的额度过高，导致员工的工资收入无法满足其基本生活需求，或者罚款行为明显不合理、不公正，这种罚款行为将损害员工的合法权益，也是不合法的。

二、企业可采取的合法处理方式

1. 规章制度约束：

   • 企业应通过民主程序制定完善的规章制度，明确员工在劳动安全、工作纪律等方面的职责和义务，以及违反规定的相应处理措施。这些措施可以包括批评教育、警告、记过、降职、解除劳动合同等，但必须确保规章制度的内容合理合法，不违反法律的强制性规定，并向员工进行公示或告知。

2. 要求赔偿损失：

   • 若员工违反规章制度或劳动合同的行为给企业造成了实际经济损失，企业可以要求员工赔偿。根据《工资支付暂行规定》第十六条，企业可按劳动合同约定要求员工赔偿经济损失，赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

3. 行政处分：

   • 企业还可以根据依法制定并公示的规章制度，对员工进行行政处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职、留用察看、开除等。这些处分方式旨在维护企业的正常运营秩序和员工的合法权益。

三、员工权益保护与建议

• 了解自身权益：员工应了解自己的合法权益，包括不受非法罚款、不受不合理处罚等。
• 勇于维权：如果企业违法对员工进行罚款或其他不当处罚，员工有权向劳动保障监察部门投诉。劳动保障行政部门会责令用人单位限期支付克扣的工资，并可能加付赔偿金以维护员工的合法权益。
• 建议企业合法管理：企业在管理员工时，应严格遵守法律法规的规定，不得擅自对员工进行罚款。如果员工确实给企业造成了经济损失或违反了劳动合同的约定，企业应通过合法途径要求员工承担相应的经济责任。同时，企业也应建立健全的内部规章制度，通过民主程序制定并公示，以确保对员工的处罚行为合法、合理且公正。

综上所述，企业对违章的员工罚款在大多数情况下是不合法的。企业应依靠合法的规章制度来约束员工行为，并在员工造成经济损失时依法要求赔偿。员工在面对企业的不当处罚时，也应了解自己的合法权益，并勇于通过法律途径维护自己的权益。