违约金一般是按照合同约定的方式来确定是按照已付款计算还是按照总额计算，具体取决于合同中的相关条款。以下从不同角度为你详细分析：
合同有明确约定的情况
在合同纠纷中，合同是双方当事人意思自治的体现，具有最高的法律效力。如果合同中明确约定了违约金的计算方式，比如“若一方违约，需按照已付款的XX%支付违约金”或者“按照合同总额的XX%支付违约金”，那么双方应当严格按照合同约定来执行。这种情况下，违约金的计算方式清晰明确，不易产生争议。
举例：甲乙双方签订了一份购房合同，合同中约定“若买方违约，需按照已付房款的20%支付违约金”。后来，买方因个人原因违约，此时就应当按照已付房款的20%来计算违约金。
合同没有明确约定的情况
如果合同中没有明确约定违约金的计算方式，那么就需要根据相关法律法规和司法实践来确定。一般来说，在这种情况下，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素，如违约方的过错程度、守约方的实际损失、合同的履行情况等，来酌情确定违约金的数额。此时，违约金的计算可能既不是单纯基于已付款，也不是单纯基于合同总额，而是根据实际情况进行综合判断。
法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
特殊情况下的考虑
在某些特殊情况下，即使合同中有约定违约金的计算方式，也可能因为约定过高或过低而被法院或仲裁机构调整。这主要是为了保护双方当事人的合法权益，防止违约金成为一方谋取不正当利益的工具。
建议：
总之，违约金的计算方式取决于合同中的相关条款以及相关法律法规和司法实践。在处理合同纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。