您好，关于您询问的“基本农田保护条例是否还有效”这一问题，我可以给您一个清晰且详细的解答。

首先，需要明确的是，基本农田保护的相关法规和政策仍然有效，并且正在不断完善和强化。具体来说，为了更有效地保护永久基本农田，同时缓解相关制度存在的刚性有余、弹性不足的问题，我国已经出台了《永久基本农田保护红线管理办法》，该办法将自2025年10月1日起施行。

这一新办法是在土地管理法、粮食安全保障法等法律法规的基础上制定的，它首次在部门规章层面明确了县级以上自然资源主管部门会同农业农村主管部门组织划定永久基本农田储备区的职责，这作为重大建设项目占用永久基本农田和永久基本农田保护红线优化调整的主要补划来源。

此外，新办法还对于永久基本农田的划定、管控、保护、优化调整、质量建设等方面作出了具体规定。它强调在依法实行严格保护的同时，要建立“优进劣出”的管理机制，即在永久基本农田保护红线整体稳定的前提下，明确允许优化调整的情形、程序和规则，以兼顾耕地保护的刚性和农业生产的灵活性。

针对近年来各地在执行永久基本农田保护制度过程中遇到的问题，如刚性有余、弹性不足，以及部分永久基本农田划定不合理、零星破碎等实际问题，新办法也为地方预留了合理的自主空间，并建立了纠错机制。

综上所述，基本农田保护的相关法规和政策不仅仍然有效，而且正在通过新的管理办法得到进一步的完善和强化。因此，您可以放心，基本农田的保护工作正在得到更加全面和细致的关注与推进。如果您还有其他关于基本农田保护的问题或疑虑，欢迎随时向我咨询。