在招标质疑的情境中，质疑函的发送对象主要取决于招标文件中的具体规定以及招标活动的组织架构，但通常情况下，质疑函既可以发给甲方（招标人），也可以发给招标代理公司，具体分析如下：
发给甲方（招标人）：
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标人是招标活动的主体，对招标过程及结果负有直接责任。因此，投标人或其他利害关系人对招标过程或结果有质疑时，有权直接向招标人提出。
- 实际操作：如果招标文件中明确规定了质疑函应直接发送给招标人，或者招标活动的组织架构中招标人直接负责处理质疑事项，那么质疑函应当发给甲方。
发给招标代理公司：
- 代理角色：招标代理公司是受招标人委托，负责组织招标活动的专业机构。在招标过程中，招标代理公司往往承担着具体的操作任务，包括接收投标文件、组织开标、评标等。
- 实际操作便利：由于招标代理公司直接参与招标活动的各个环节，对招标过程有详细的了解，因此，在某些情况下，为了操作便利和效率，招标文件可能规定质疑函应发送给招标代理公司，由其转交或协助处理。
- 合同约定：如果招标人与招标代理公司之间的委托合同中明确约定了招标代理公司负责处理质疑事项，那么质疑函也应当发给招标代理公司。
建议与注意事项：
- 仔细阅读招标文件：在发送质疑函之前，务必仔细阅读招标文件，特别是关于质疑处理的部分，以确定正确的发送对象。
- 保留证据：无论质疑函发给谁，都应保留好发送的证据，如邮件截图、快递单号等，以备后续需要。
- 及时跟进：发送质疑函后，应及时跟进处理进度，确保质疑得到及时、有效的回应。
- 法律途径：如果质疑未得到妥善处理，或者对处理结果不满意，可以考虑通过法律途径解决争议，如向行政监督部门投诉或提起诉讼。
总结来说，质疑函的发送对象并非绝对，而是取决于招标文件的规定和招标活动的组织架构。在实际操作中，建议投标人或其他利害关系人根据具体情况选择合适的发送对象，并遵循相关法律法规和招标文件的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。