结论：在合同中旧乙方变更成新的乙方的情况下，与甲方签订补充协议需要遵循一定的步骤和注意事项，以确保合同的合法性和有效性。以下是从多个角度给出的详细解答和建议。
一、补充协议的基本内容
明确变更事项：
- 在补充协议中，应明确说明原合同中的乙方（旧乙方）将变更为新的乙方，并详细描述变更的具体内容，如乙方的名称、法定代表人、联系方式等信息的变更。
确认合同权利义务的转移：
- 补充协议应明确原乙方在合同中的权利和义务将由新乙方承担，包括但不限于付款义务、交货义务、售后服务义务等。
- 同时，应确认新乙方对原合同条款的接受和认可，以及愿意继续履行原合同中的各项义务。
约定变更生效条件：
- 补充协议可以约定变更生效的具体条件，如双方签字盖章后生效、政府相关部门批准后生效等。
- 也可以约定变更的生效时间，如自某年某月某日起生效。
二、签订补充协议的步骤
协商与沟通：
- 在签订补充协议前，新乙方应与甲方进行充分的协商和沟通，就变更事项、合同权利义务的转移等达成一致意见。
- 双方可以就补充协议的具体条款进行讨论和修改，以确保协议的公平性和合理性。
起草补充协议：
- 根据协商和沟通的结果，起草补充协议文本。补充协议应包含上述基本内容，并明确双方的权利和义务。
- 起草时，应注意语言的准确性和清晰性，避免使用模糊或歧义的表述。
审核与修改：
- 补充协议起草完成后，应由双方的法律顾问或专业律师进行审核，以确保协议的合法性和有效性。
- 根据审核意见，对补充协议进行必要的修改和完善。
签字盖章：
- 双方对补充协议的内容无异议后，应在协议上签字盖章。签字盖章是补充协议生效的必要条件。
- 签字盖章时，应注意核对双方的身份信息和签字盖章的真实性。
三、注意事项
保持原合同的有效性：
- 补充协议的签订不应影响原合同的有效性。原合同中的其他条款（除乙方变更部分外）应继续有效。
- 如果原合同中有关于变更的特别约定，应按照原合同的约定执行。
及时办理相关手续：
- 如果变更事项需要政府相关部门批准或备案的，应及时办理相关手续，以确保变更的合法性和有效性。
- 例如，如果合同涉及外资企业的变更，可能需要向商务部门办理变更登记手续。
保留相关证据：
- 在签订补充协议的过程中，双方应保留好相关的证据材料，如协商记录、邮件往来、修改稿等。
- 这些证据材料在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
四、法律后果
如果补充协议合法有效：
- 新乙方将取代旧乙方成为原合同的一方，享有原合同中的权利并承担原合同中的义务。
- 双方应按照补充协议的约定履行各自的义务，否则将承担违约责任。
如果补充协议存在瑕疵或无效：
- 可能导致变更事项无法生效或产生纠纷。
- 在这种情况下，双方可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
建议：在签订补充协议前，新乙方应充分了解原合同的内容和条款，与甲方进行充分的协商和沟通，并咨询专业律师的意见。以确保补充协议的合法性和有效性，并降低后续可能发生的纠纷风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。