尾款在质保期结束后支付并不直接等同于违法收取保证金，但具体是否违法需结合合同条款及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的合法性
双方约定优先：在建设工程合同中，双方可以就尾款的支付时间和条件进行约定。如果合同中明确约定尾款在质保期结束后支付，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该约定是合法有效的。
保证金与尾款的区别：保证金通常是为了确保合同履行或保证工程质量而由一方（通常是承包方）向另一方（通常是发包方）缴纳的一定金额。而尾款则是工程款的一部分，通常在工程完工并经验收合格后支付。如果合同中将尾款与保证金混为一谈，或者将尾款作为保证金的一种形式进行扣留，可能涉及违法收取保证金的问题，但这需要具体分析合同条款和实际情况。
二、法律规定的考量
《民法典》的相关规定：根据《民法典》中关于建设工程合同的规定，发包人应当按照合同约定的时间和方式支付工程款。如果合同中约定了尾款在质保期结束后支付，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么发包人按照约定支付尾款是合法的。
质保金的合法性：在建设工程中，质保金（或称为质量保证金）是发包人为了保障工程质量而扣留的一部分工程款。根据相关规定，质保金的数额、扣留方式和返还时间等应当符合法律、行政法规的规定。如果合同中约定的尾款实际上就是质保金，且扣留和返还方式符合法律规定，那么这种做法也是合法的。
三、违法收取保证金的情形
如果合同中存在以下情形之一，可能构成违法收取保证金：
无合法依据扣留尾款：如果合同中没有明确约定尾款在质保期结束后支付，或者该约定违反法律、行政法规的强制性规定，发包人无正当理由扣留尾款，可能构成违法收取保证金。
超额扣留质保金：如果合同中约定的质保金数额超过法律、行政法规规定的上限，或者发包人超额扣留质保金作为尾款，也可能构成违法收取保证金。
四、建议与风险提示
审查合同条款：建议双方在签订合同时，明确约定尾款的支付时间和条件，以及质保金的扣留和返还方式，避免产生纠纷。
遵守法律规定：双方在履行合同过程中，应当遵守法律、行政法规的强制性规定，不得违法收取或扣留保证金。
及时沟通协商：如果双方在尾款支付或质保金扣留方面存在争议，应当及时沟通协商，寻求妥善解决方案。
寻求法律帮助：如果双方无法协商解决争议，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自身合法权益。
如有具体合同条款或实际情况需要分析，请直接向我咨询。