结论：逾期竣工违约金是否可以从工程款中扣留，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同有明确约定的情况：
- 分析：如果建设工程合同中明确约定了逾期竣工违约金的支付方式，包括是否可以从工程款中直接扣留，那么应当遵循合同的约定。合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当被尊重和执行。
- 建议：在此情况下，如果合同中有明确约定，且该约定合法有效，那么发包方有权按照合同约定从工程款中扣留逾期竣工违约金。
合同没有明确约定的情况：
- 分析：如果合同中没有明确约定逾期竣工违约金是否可以从工程款中扣留，那么就需要依据相关法律法规的规定以及行业惯例来判断。一般来说，逾期竣工违约金是承包方因未能按时完成工程而应向发包方支付的赔偿金，其性质与工程款是不同的。工程款是承包方完成工程后应得的报酬，而逾期竣工违约金则是对承包方违约行为的惩罚。
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。逾期竣工违约金即属于赔偿损失的一种形式。
- 建议：在合同没有明确约定的情况下，发包方通常不能直接从工程款中扣留逾期竣工违约金，但可以通过与承包方协商、提起诉讼或仲裁等方式来主张自己的权益。如果双方能够达成一致，也可以签订补充协议来明确逾期竣工违约金的支付方式。
实际操作中的注意事项：
- 分析：在实际操作中，无论合同是否有明确约定，发包方在扣留逾期竣工违约金时都应当谨慎行事。一方面，要确保扣留的金额不超过合同约定的范围或实际损失的金额；另一方面，要保留好相关证据，如合同、竣工验收报告、违约金计算依据等，以备在发生争议时能够证明自己的主张。
- 建议：发包方在扣留逾期竣工违约金前，最好先与承包方进行沟通协商，明确扣留的金额和理由，并尽量达成书面协议。如果无法达成一致，再考虑通过法律途径来解决争议。
总结与进一步思考：逾期竣工违约金是否可以从工程款中扣留，取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。在处理此类问题时，建议双方首先查阅合同条款，了解各自的权利和义务；如果合同没有明确约定或约定不明确，再依据相关法律法规和行业惯例来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。