结论：劳动仲裁能否仲裁总公司，取决于具体的用工情况和分公司的法律地位。若分公司具备独立主体资格且为实际用人单位，劳动者可直接向分公司提起劳动仲裁；若分公司不具备独立主体资格或无法承担责任，则劳动者可向总公司提起劳动仲裁，要求总公司承担相应责任。
详细分析：
分公司具备独立主体资格的情况：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，依法取得营业执照或者登记证书的分支机构，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同。这意味着，当分公司依法取得营业执照或登记证书时，它被视为一个独立的用人单位，具有与劳动者签订劳动合同的资格。
- 分析：在此情况下，如果劳动者与分公司之间发生劳动争议，劳动者可以直接向分公司所在地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。因为分公司作为独立的用人单位，应当承担相应的劳动法律责任。
分公司不具备独立主体资格的情况：
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，未依法取得营业执照或者登记证书的分支机构，不能作为独立的用人单位，其法律责任由总公司承担。
- 分析：若分公司未取得营业执照或登记证书，则它不具有独立的用人单位主体资格。在这种情况下，如果劳动者与分公司之间发生劳动争议，劳动者需要向总公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。因为总公司是承担法律责任的主体，分公司无法独立承担责任。
总公司责任承担的特殊情况：
- 分析：即使分公司具备独立主体资格，但在某些特殊情况下，如分公司无法承担相应责任或总公司对分公司的管理存在过错等，总公司也可能需要承担连带责任。这意味着，在劳动仲裁中，如果分公司无法履行仲裁裁决所确定的义务，劳动者可以要求总公司承担相应责任。
实际操作建议：
- 确认分公司法律地位：在决定提起劳动仲裁前，劳动者应首先确认分公司的法律地位（是否取得营业执照或登记证书）。这可以通过查询分公司的工商登记信息或咨询当地工商行政管理部门来确认。
- 选择正确的仲裁委员会：根据分公司的法律地位和劳动者的实际工作地，选择正确的劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。如果分公司具备独立主体资格，劳动者可以向分公司所在地的仲裁委员会申请仲裁；如果分公司不具备独立主体资格，劳动者则需要向总公司所在地的仲裁委员会申请仲裁。
- 准备充分的证据材料：在提起劳动仲裁前，劳动者应准备充分的证据材料来支持自己的仲裁请求。这包括劳动合同、工资单、工作证、考勤记录等与劳动争议相关的证据。
- 咨询专业律师：虽然我在这里提供了一些基本的法律建议，但劳动仲裁案件往往涉及复杂的法律问题和事实认定。因此，在提起劳动仲裁前，建议劳动者咨询专业律师以获取更准确的法律建议和指导。
可能法律后果：
- 如果劳动者选择错误的仲裁委员会提起仲裁申请，可能会导致仲裁申请被驳回或仲裁裁决无法执行。
- 如果劳动者在劳动仲裁中未能提供充分的证据材料来支持自己的仲裁请求，可能会导致仲裁请求被驳回或无法获得全额赔偿。
- 如果总公司或分公司对仲裁裁决不服，可以在规定时间内向人民法院提起诉讼。这意味着，劳动仲裁裁决并非最终结果，双方仍有权通过诉讼途径来解决争议。