事业单位女职工在小产假期间，其绩效工资通常不应被扣除，但具体还需结合单位薪酬制度和相关法律法规来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、基础性绩效工资的正常发放
根据国家对女职工的特殊保护和照顾政策，女职工在小产假期间的基础性绩效工资应当正常发放。这是为了保障女职工产假期间的基本收入，确保其生活不受影响。这一规定与《女职工劳动保护特别规定》的精神相契合，即女职工生育享受产假是法定的权利，单位不得因其休产假而扣减其基本工资部分，基础性绩效工资作为工资的重要组成部分，同样应得到保障。
二、奖励性绩效工资的灵活处理
奖励性绩效工资的发放则取决于用人单位的绩效工资分配办法和绩效评定标准。具体来说：
如果单位的绩效工资评定方案明确规定，绩效工资严格按照实际出勤情况以及实际完成工作任务情况来核算，且该方案经过民主程序制定并已向员工公示，那么女职工在小产假期间由于未实际出勤工作，可能会影响部分与出勤、工作成果直接挂钩的奖励性绩效部分。但即便如此，这种扣减也应合理且不过度，以确保不损害女职工的合法权益。例如，如果奖励性绩效工资中有一部分是与团队业绩挂钩的，而女职工在小产假期间并未参与团队工作，那么这部分与团队业绩直接相关的奖励性绩效工资可能会受到一定影响。但单位不能因此将所有奖励性绩效工资都扣减，应保留与女职工个人工作表现、技能水平等相关的部分。
对于已经参加生育保险的女职工，其小产假期间的生育津贴由生育保险基金支付，支付标准为本企业上年度职工月平均工资。这意味着，无论女职工个人的工资水平如何，其生育津贴都是按照企业整体平均工资水平来发放的。因此，在这种情况下，单位无需再额外支付奖励性绩效工资，但也不能因此扣减女职工原本应得的奖励性绩效工资部分。如果单位在生育津贴之外还扣减了奖励性绩效工资，那么女职工有权要求单位返还。
若用人单位未参加生育保险，则需要按照女职工产假前的工资标准来支付生育津贴。这种情况下，女职工产假期间的收入将与其产假前的工资水平保持一致，包括基础性绩效工资和奖励性绩效工资（如适用）。单位不能因女职工休小产假而降低其工资标准或扣减绩效工资。
三、实际操作建议
了解单位政策：建议女职工在请假前与公司HR部门或相关负责人沟通，明确了解公司的具体政策和操作流程。特别是要了解单位关于绩效工资的评定办法和扣减规定，以便在小产假期间能够合理维护自己的权益。
保留相关证据：如果女职工认为单位在小产假期间不合理地扣减了绩效工资，应保留好相关证据，如工资条、绩效评定表、请假条等。这些证据将有助于女职工在后续维权过程中证明自己的权益受到了侵害。
维权途径：如果与单位沟通无果，女职工可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。在投诉或仲裁过程中，女职工需要提供充分的证据来证明单位的不合理扣减行为，以便相关部门或机构能够依法作出公正裁决。
总结来说，事业单位女职工在小产假期间的绩效工资发放需结合单位的具体薪酬制度和国家相关法律法规进行综合考虑。在保障女职工基本收入的同时，也要确保单位内部的薪酬制度的公平性和合理性。如遇争议，应通过合法途径寻求解决。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。