关于工作日加班后员工是否可以申请调休的问题，这确实需要根据具体的工时制度、法律规定以及双方的约定来综合判断。以下是我为您详细梳理的解答：

一、标准工时制下的情况

在标准工时制下，根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工作日加班通常应支付不低于工资150%的加班工资。但这并不意味着调休完全不可能。实际上，法律并未完全排除调休的可能性，关键在于用人单位与劳动者之间的协商。如果双方能够达成一致，选择以调休来替代加班工资的支付，那么调休是可行的。

二、特殊工时制下的情况

1. 综合计算工时工作制：

   • 在这种工作制下，员工的工作时间是在一个综合计算周期内进行核算的。虽然某一具体日或周的工作时间可能超过标准工时，但只要综合计算周期内的总工作时间不超过法定标准，就不视为加班。然而，如果超过了法定标准，那么超出部分应支付加班工资。
   • 通常情况下，综合计算工时工作制下不直接涉及调休问题，而是统一核算加班费用。但如果企业与员工有特别约定，且该约定不违反法律强制性规定，那么也可以按照约定执行调休。

2. 不定时工作制：

   • 对于实行不定时工作制的员工，由于工作时间不固定，因此一般不存在工作日加班和调休的问题。但是，如果用人单位安排员工在法定节假日工作，那么必须按照法律规定支付不低于劳动者本人日或小时工资标准300%的加班工资，且不能以调休来替代。

三、调休安排的注意事项

1. 合法约定：如果用人单位与劳动者在劳动合同或集体合同中有关于加班调休的特别约定，且该约定符合法律规定，那么劳动者在工作日加班后有权要求用人单位按照约定安排调休。

2. 合理安排：用人单位在安排调休时，应当根据实际情况合理安排时间，确保劳动者的休息权利得到充分保障。调休应当在合理的时间内进行，避免长时间拖延导致劳动者的休息权益受损。

3. 权益保障：如果用人单位以调休为由拒绝支付加班工资，或者安排不合理的调休时间，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身的合法权益。

综上所述，工作日加班后员工是否可以申请调休，并没有一个固定的答案。它取决于具体的工时制度、法律规定以及双方的约定。因此，在实际操作中，建议您与用人单位进行充分沟通，明确双方的权利和义务，以确保您的合法权益得到有效保障。