关于公司如何提交仲裁员工申请这一问题，实际上需要明确的是，在劳动争议中，通常是员工作为申请人向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，而公司则是作为被申请人。不过，若公司认为与员工之间存在劳动争议，且希望主动通过仲裁方式解决，公司也可以作为申请人来提交仲裁申请。以下是公司作为申请人提交仲裁员工申请的具体流程：
一、明确仲裁事项与准备材料
确认争议类型：
- 公司需要明确与员工之间的争议是否属于劳动争议仲裁的受理范围，如确认劳动关系、劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止、除名、辞退、辞职和离职、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训及劳动保护、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等。
- 收集与争议相关的证据，如劳动合同、工资单、考勤记录、解雇通知、员工违规记录等。
准备基础材料：
- 劳动仲裁申请书（需详细列明公司名称、员工个人信息、仲裁请求、事实理由及证据清单）。
- 公司营业执照副本及复印件（作为公司身份证明）。
- 员工身份证明文件（如身份证复印件，若无法获取，可提供其他能证明员工身份的信息）。
- 相关证据材料原件及复印件（根据仲裁请求准备，如加班记录、违法解雇证据等，并按员工人数准备足够份数的复印件）。
二、提交仲裁申请
选择管辖机构：
- 公司应向劳动合同履行地或员工所在地的劳动争议仲裁委员会提出申请。若双方分别向不同地点的仲裁委员会申请，则由劳动合同履行地的仲裁委员会管辖。
递交申请材料：
- 将准备好的申请书及材料提交至选定仲裁委的立案窗口，或按照仲裁委的要求通过邮寄方式送达。
接收受理通知：
- 仲裁委在收到申请后，通常会在5个工作日内作出决定，符合条件的出具《受理通知书》并告知开庭时间；不符合条件的则出具《不予受理通知书》。
三、参与仲裁审理
庭前准备阶段：
- 仲裁委会将送达应诉材料给员工（作为被申请人），员工需在规定时间内提交答辩书及相关证据。公司作为申请人，也需准备充分的答辩材料和证据，以应对员工的反驳。
开庭审理流程：
- 开庭时，仲裁庭会核对当事人身份，宣布庭审纪律。
- 公司作为申请人陈述诉求及事实理由，员工作为被申请人进行答辩。
- 双方举证质证，围绕争议焦点展开辩论。
- 最后陈述环节后，仲裁庭会休庭评议。
调解优先原则：
- 仲裁庭在审理过程中会先行调解，若双方能达成协议，则制作调解书结案。公司应积极参与调解，寻求双方都能接受的解决方案。
四、领取裁决结果
裁决书生效规则：
- 终局裁决自作出之日起即具法律效力（特定情形下，公司或员工可向法院申请撤销）。
- 非终局裁决需在15日内未起诉方生效。公司若对裁决不服，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
后续执行程序：
- 生效裁决书具有强制执行力。若员工不履行裁决，公司可向人民法院申请强制执行。
五、寻求专业帮助
- 若公司对仲裁流程不熟悉或需要法律援助，建议咨询专业律师或联系当地法律援助机构，以确保仲裁申请的顺利进行和合法权益的有效维护。
综上所述，公司作为申请人提交仲裁员工申请时，应明确仲裁事项、准备充分材料、选择正确管辖机构、按时提交申请，并积极参与庭审过程。同时，了解自身权利义务，必要时寻求专业帮助，以有效维护公司合法权益。