结论：电动自行车在事故中负次要责任时，您确实需要按照责任比例支付对方的修车款。但具体支付多少，需根据事故责任认定书确定的责任比例来计算。

详细解析：

1. 法律依据与责任划分：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例，交通事故的责任划分是由交警部门根据事故现场情况、双方行为等因素综合判断后出具的交通事故责任认定书来确定的。
   • 如果电动自行车被判定为次要责任，那么您就需要承担相应比例的赔偿责任。这个比例可能是20%、30%或其他，具体由交警部门认定。

2. 赔偿计算与流程：

   • 确定损失：首先，对方的车辆损失需要通过正规维修店进行定损，明确维修所需的具体费用，并保留好维修清单、发票等相关凭证。
   • 计算赔偿金额：根据责任认定书上的责任比例，您需要支付对方修车费用的相应比例。例如，如果责任比例是30%，且对方修车费用为1000元，那么您需要支付300元。
   • 支付方式：赔偿可以通过双方协商直接支付，也可以通过对方的保险公司进行理赔（如果对方车辆购买了相关保险）。

3. 特殊情况与争议解决：

   • 交强险与商业险：如果对方车辆购买了交强险，那么先由交强险在财产损失赔偿限额内（通常为2000元）进行赔偿。超出该限额的部分，再按照双方的责任比例分担。若对方还购买了商业第三者责任险，则可以通过其保险公司进行进一步理赔。
   • 争议解决：如果双方在赔偿问题上无法达成一致，可以请求公安机关交通管理部门进行调解，或者向人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，法院会依据事故的责任认定、相关证据以及法律规定来确定双方的赔偿责任和具体金额。

建议与提醒：

• 在处理此类事故时，务必保留好所有相关证据和凭证，如事故现场照片、维修清单、发票、责任认定书等，以便在需要时提供有力的支持。
• 如果对责任认定或赔偿金额有异议，及时咨询专业律师或相关机构，以维护自己的合法权益。

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