您好，针对您提出的“确权证上不是基本农田怎么办”的问题，这确实是一个涉及土地用途和不动产登记的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，不动产权证书上登记的土地用途与国土调查所认定的现状地类并不总是一致的。不动产权证书上的土地用途是依据批准文件、有偿使用合同或发包合同等权源材料来确定的，它反映了土地在法律上的锁定用途，具有法定性和强制性。而国土调查则是对土地利用现状的例行体检，它反映的是调查时点的国土利用实际情况。
针对您的情况，如果确权证上登记的不是基本农田，但您认为该土地实际上应该作为基本农田使用，或者您希望将其变更为基本农田，那么您需要了解以下几点：
土地用途管制制度：我国实行严格的土地用途管制制度，旨在维护国土空间秩序、保障土地资源合理利用。土地用途的变更需要依法依规进行，不能随意改变。
变更登记手续：如果您希望改变确权证上的土地用途，您需要依法依规办理相应的变更手续。这通常包括向相关部门提交变更申请、提供必要的证明材料、经过审批等程序。只有经过法定程序变更后的土地用途，才能在确权证上进行相应的更新。
咨询当地部门：由于土地用途变更涉及多个部门和复杂的程序，我建议您直接咨询当地的自然资源部门或农业部门。他们可以根据您的具体情况和当地政策，为您提供更详细、更准确的指导和建议。
了解政策规定：在办理变更手续前，您还需要了解相关的政策规定和法律法规，确保您的变更申请符合法律要求。这有助于您避免不必要的麻烦和损失。
总之，如果确权证上的土地用途与您的期望或实际情况不符，您需要通过合法途径进行变更。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。