商标申请中是可以变更代理机构的。以下是关于变更商标代理机构的详细法律程序与注意事项：
一、法律依据
根据《商标法》第二十三条及《商标法实施条例》第十七条的规定，商标注册人或申请人如需变更其商标代理人，必须向国家知识产权局商标局（以下简称“商标局”）提出变更申请。这一规定明确了变更商标代理人的法律基础和程序要求。
二、变更程序
准备申请书件：
- 填写《变更商标代理人申请书》，详细列出变更前后的商标代理人信息。
- 提供申请人的身份证明文件复印件，如企业营业执照副本复印件或自然人身份证复印件。
- 提交委托新代理人的授权委托书，明确委托事项、期限及权限。若申请文件为外文，还需提供中文译本并加盖翻译机构签章。
提交申请书件：
- 可以选择自行到商标局注册大厅或指定受理窗口提交申请材料。
- 也可以委托信誉良好、经验丰富的商标代理机构代为提交，以确保申请流程的顺畅。
缴纳费用：
- 变更商标代理人需缴纳一定的官费，具体金额可能因政策调整而有所变化。建议提前咨询商标局或代理机构以确认最新费用标准。
- 支付方式通常包括在线支付、银行转账等，确保费用及时缴纳以避免申请延误。
官方受理及审查：
- 商标局收到申请后，将进行形式审查和实质审查。形式审查主要检查材料是否齐全、是否符合法定形式；实质审查则对变更申请进行核准。
- 如材料存在问题或不符合要求，商标局将发出补正通知，申请人需在规定期限内补正，否则申请可能被驳回。
审查结果的下达：
- 经审查合格的，商标局将核准变更申请，并在商标注册档案中记录变更事项，同时向申请人发放相应的证明文件。
- 如不予核准，商标局将书面通知申请人并说明理由。
三、后续事项
- 接收相关文件：变更申请核准后，商标局后续发出的有关商标的通知、文件等将直接发送给新的商标代理人。新代理人应及时接收并妥善处理这些文件。
- 更新信息记录：申请人和新商标代理人应及时更新各自的内部档案和信息记录，确保商标代理关系的变更得到准确反映。
四、注意事项
- 全部商标齐变更：在变更商标代理人时，应一并提交名下所有商标的变更申请，避免遗漏导致后续管理混乱。
- 时间安排：整个商标变更流程大约需要6个月左右，包括申请、审查、公告和核发变更证明。因此，申请人需提前规划好时间，确保变更流程不影响商标的正常使用。
- 特殊情况处理：若尚未实施商标代理行为，双方可自行协议变更代理人；若已行使商标代理行为，则必须按照上述程序向商标局提出变更申请，以确保变更的合法性和有效性。
在变更商标代理机构的过程中，如果遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。