协议书的抬头两个单位章有点重合，一般情况下，这并不会对协议书的法律效力产生直接影响，但具体还需根据重合程度及实际情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：

1. 法律效力角度：

   • 协议书的法律效力主要取决于其内容是否合法、双方意思表示是否真实、是否违反法律法规的强制性规定等。单位章的重合，并不直接改变协议书的这些核心要素。
   • 如果重合程度轻微，且不影响对协议书内容的识别和理解，那么通常不会对法律效力产生实质性影响。

2. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，单位章的重合可能会给协议书的存档、查阅或后续执行带来一定的不便。例如，在需要核对协议书原件时，重合的印章可能会增加识别的难度。
   • 如果重合程度严重，甚至导致协议书内容无法清晰辨认，那么可能会引发关于协议书真实性和有效性的争议。

3. 风险防范角度：

   • 为了避免潜在的风险和争议，建议在签署协议书时，确保单位章的清晰、完整，避免重合或模糊不清的情况。
   • 如果已经出现了单位章重合的情况，且双方对协议书的真实性、有效性存在疑虑，可以考虑通过补充协议、书面确认等方式来明确双方的意思表示，以消除潜在的风险。

4. 特殊情况处理：

   • 如果单位章的重合是由于一方故意为之，且意图通过这种方式来逃避法律责任或损害对方利益，那么这种行为可能构成欺诈或违法行为，受损害方有权依法追究其法律责任。
   • 在这种情况下，受损害方应及时收集证据，包括协议书原件、相关沟通记录等，以便在必要时通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结与建议：

• 协议书的抬头两个单位章有点重合，一般情况下不会影响其法律效力，但可能给实际操作带来不便或引发争议。
• 为了避免潜在的风险和争议，建议在签署协议书时确保单位章的清晰、完整。
• 如果已经出现了单位章重合的情况，且双方对此存在疑虑，可以考虑通过补充协议、书面确认等方式来明确双方的意思表示。
• 如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律意见。