结论：劳动合同丢失且公司修改了原合同的情况下，你可以采取以下措施来维护自己的权益：首先尝试与公司协商补签或确认原合同内容；若协商无果，可以收集其他证据证明劳动关系及原合同内容，并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

详细分析：

1. 尝试与公司协商：

   • 补签合同：你可以与公司沟通，说明劳动合同丢失的情况，并请求公司补签一份与原合同内容相同的劳动合同。在补签时，确保合同内容与你实际的工作情况、薪资待遇等相符。
   • 确认原合同内容：如果公司不愿意补签合同，你可以要求公司出具一份书面证明，确认原合同的内容，包括工作岗位、薪资待遇、工作时间等关键条款。这份证明将作为你后续维权的重要依据。

2. 收集其他证据：

   • 工作记录：收集你的工作记录，如考勤记录、工作邮件、工作成果等，这些都可以证明你与公司之间存在劳动关系，以及你的工作情况和薪资待遇。
   • 工资条或银行流水：保留你的工资条或银行流水记录，这些可以证明你的薪资水平和发放情况，是确认劳动关系和薪资待遇的重要证据。
   • 同事证言：如果可能的话，你可以寻找同事作为证人，他们可以提供关于你工作情况、薪资待遇以及原合同内容的证言。

3. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果公司拒绝补签合同或确认原合同内容，并且你收集到了足够的证据证明公司存在违法行为（如修改原合同、未签订劳动合同等），你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将会对公司进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。

4. 申请劳动仲裁：

   • 仲裁申请：如果投诉无果，或者你认为自己的权益受到了严重侵害，你可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，你需要提交仲裁申请书、相关证据材料以及你的身份证明等文件。
   • 仲裁过程：劳动仲裁委员会将会安排仲裁庭进行审理，并根据双方提供的证据和陈述作出裁决。如果裁决支持你的诉求，公司需要履行裁决义务；如果公司不履行裁决义务，你可以向人民法院申请强制执行。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系应当订立书面劳动合同。劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
• 如果用人单位未与劳动者签订劳动合同或者修改原劳动合同内容未与劳动者协商一致，劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任。

建议：

• 在处理此类问题时，建议你保持冷静和理性，不要与公司发生不必要的冲突。
• 尽可能收集并保留好相关证据，以便在后续维权过程中使用。
• 如果你对法律程序不熟悉或者感到困惑，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。