工程招标违法行为两年的计算，通常涉及的是行政处罚的追诉时效问题，其计算方式主要依据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，即违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚，法律另有规定的除外。这里的“二年”计算方式如下：

1. 从违法行为发生之日起计算：

   • 如果工程招标违法行为是一个即时行为，即违法行为在某一具体时间点完成，那么两年的追诉时效就从该行为发生的具体日期开始计算。

2. 违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算：

   • 在工程招标中，有些违法行为可能不是一次性完成的，而是具有连续性或继续性，如持续提供虚假材料、持续进行围标串标等。对于这类行为，两年的追诉时效从违法行为终了之日，即最后一次实施违法行为之日起计算。

在具体应用中，还需注意以下几点：

• “被发现”的界定：这里的“被发现”通常指的是行政机关通过日常监管、投诉举报、专项检查等方式，首次知道或应当知道违法行为存在的时间点。

• 法律另有规定的情形：虽然行政处罚法规定了基本的追诉时效，但某些特定领域的法律可能对此有特别规定。在工程招标领域，如果相关法律法规对追诉时效有特别规定，应优先适用该特别规定。

• 时效的中断与延长：在追诉时效期间内，如果因法定事由（如当事人逃避调查、不可抗力等）导致行政机关无法行使处罚权，时效可以中断并重新计算；同时，某些情况下法律也可能允许时效的延长，但这需要具体法律条款的支持。