法院会裁定驳回起诉，并告知当事人向有管辖权的行政审判庭提起行政诉讼，或依职权将案件移送至行政审判庭。具体分析如下：

1. 程序性审查与驳回起诉
   根据《民事诉讼法》第127条第4项，法院在立案后发现案件不属于民事诉讼受案范围，但属于行政诉讼受案范围的，应当裁定驳回起诉。例如，当事人因行政机关的具体行政行为（如行政处罚、行政许可）引发争议，却以民事纠纷为由起诉，法院会通过程序性审查识别案件性质，避免民事与行政诉讼的混淆。

2. 释明义务与诉讼引导
   法院在驳回起诉的同时，需向当事人释明案件的行政诉讼属性，并告知其应向行政审判庭提起行政诉讼。若当事人对法律关系性质存在误解（如将行政协议纠纷误认为民事合同纠纷），法院会通过书面或口头方式说明理由，引导当事人正确行使诉权。

3. 依职权移送案件的例外情形
   在部分法院内部实行“民行交叉案件分流机制”的地区，若民事审判庭与行政审判庭同属一个法院，且案件涉及民行交叉问题（如土地权属争议中同时存在民事侵权与行政确权），法院可能依职权将案件移送至行政审判庭，由行政审判庭优先审查行政行为的合法性，再决定是否需要合并审理民事争议。但此情形需以法院内部规程或地方司法文件为依据，并非全国统一做法。

实务建议：

• 当事人起诉前应初步判断争议性质：若争议涉及行政机关的职权行为（如审批、处罚、强制措施），优先选择行政诉讼；若为平等主体间的财产或人身关系纠纷，再考虑民事诉讼。
  
• 若对案件性质存疑，可在起诉时附上简要法律分析，或直接向法院立案庭咨询，避免因程序错误导致诉讼周期延长。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件类型（如土地纠纷、行政协议、行政处罚等），我会结合实务经验为您详细分析。