结论：醉驾案件中检察院不起诉的，交警一般不会直接撤案，但会依法作出相应处理，具体需分情况讨论。以下是详细分析：

1. 检察院不起诉的法律性质
   根据《刑事诉讼法》第177条，检察院作出不起诉决定意味着案件在刑事诉讼阶段终止，犯罪嫌疑人不再被追究刑事责任。但需注意：

   • 法定不起诉（如情节显著轻微、已过追诉时效等）：案件直接终结，交警部门需根据检察院通知终止侦查程序。
     
   • 酌定不起诉（如犯罪情节轻微、认罪认罚等）：虽不追究刑事责任，但可能涉及行政处罚，交警需依法移送行政机关处理。
     
   • 证据不足不起诉（存疑不起诉）：若后续补充证据达到起诉条件，检察院可重新起诉，交警需配合补充侦查。

2. 交警部门的处理方式

   • 刑事案件转行政处理：醉驾行为同时违反《道路交通安全法》，即使检察院不起诉，交警仍可依据《道路交通安全违法行为处理程序规定》对驾驶人作出吊销驾照、罚款等行政处罚。
     
   • 终止侦查程序：若检察院明确通知终止刑事案件（如法定不起诉），交警需撤销刑事立案，但需留存案卷备查。
     
   • 继续配合补充侦查：在存疑不起诉情况下，若检察院要求补充证据，交警需继续调查取证。

3. 实务中的关键点

   • “案结事不了”现象：检察院不起诉不等于“无后果”，行政处罚仍可能存在（如吊销驾照5年内不得重考）。
     
   • 证据固定要求：交警在侦查阶段需完整固定血检报告、现场执法记录等证据，否则可能影响检察院起诉决定。
     
   • 复议复核权利：若驾驶人对交警行政处罚不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

建议：若您或家人涉及醉驾案件，需重点关注：

1. 检察院不起诉的具体类型（法定/酌定/存疑）；
   
2. 交警部门是否同步启动行政处罚程序；
   
3. 及时委托律师介入，通过阅卷、听证等方式争取最有利结果。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理流程。