结论：两个孩子自愿跟女方，男方不同意的情况下，法院不一定会判给女方，法院判决抚养权归属会综合考虑多种因素，以最有利于未成年子女为原则进行判定。
详细分析：
法院判决抚养权的原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，法院在判决子女抚养权时，首要考虑的是子女的利益和福祉，即“最有利于未成年子女原则”。这意味着法院会评估父母双方的抚养条件、经济能力、教育背景、生活环境以及与子女的情感联系等因素，以确定哪一方更能为子女提供稳定、健康、有爱的成长环境。
子女意愿的考量：
- 虽然子女的意愿是法院判决抚养权时的一个重要参考因素，但它并不是决定性的。特别是对于年龄较小的子女，法院可能会更加谨慎地考虑其意愿的真实性和成熟度。对于年龄稍大、有一定判断能力的子女，其意愿可能会被赋予更大的权重，但仍然需要结合其他因素进行综合判断。
男方不同意的影响：
- 男方不同意子女跟随女方生活，并不意味着法院就会判决抚养权归男方。法院会独立评估双方的抚养条件和能力，以及子女的实际需求和利益。如果女方能够证明自己具备更好的抚养条件和能力，且子女的意愿也倾向于跟随女方生活，那么法院有可能会判决抚养权归女方。
其他可能影响判决的因素：
- 除了子女意愿和父母双方的抚养条件外，法院还可能考虑其他因素，如子女的年龄、性别、健康状况、与父母的情感联系、父母的经济状况、教育背景、生活环境等。这些因素都可能对法院的判决产生影响。
法律建议：
- 如果女方希望获得子女的抚养权，建议她积极收集证据，证明自己具备更好的抚养条件和能力，如稳定的工作和收入、良好的居住环境、丰富的教育资源等。
- 同时，女方也可以与子女进行深入的沟通，了解他们的真实意愿和需求，并在法庭上合理表达。
- 如果男方对抚养权有争议，双方可以通过协商、调解等方式解决争议。如果协商不成，可以向法院提起诉讼，由法院根据具体情况进行判决。
可能后果：
- 如果法院判决抚养权归女方，男方需要按照判决履行抚养义务，如支付抚养费、定期探望子女等。
- 如果男方不履行判决，女方可以向法院申请强制执行，以维护自己和子女的合法权益。
总之，法院在判决子女抚养权时，会综合考虑多种因素，以最有利于未成年子女为原则进行判定。如果女方希望获得子女的抚养权，建议她积极准备证据，合理表达子女的意愿和需求，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。