结论：犯罪轻微且检察院不予起诉的情况下，通常不会留下案底。但具体是否留有记录，需根据不起诉的类型及案件实际情况来判断。

详细分析：

1. 案底的定义：

   • 案底，通常指的是犯罪记录，即个人过去违法犯罪行为的正式记录，一般存放在公安部门或司法机关的档案中。它是对个人犯罪行为的客观记载，会对个人的就业、升学、信贷等多个方面产生深远影响。

2. 不予起诉的类型及影响：

   • 法定不起诉：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，若案件存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等情形，人民检察院应当作出不起诉决定。在此类情形下，由于犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任，因此不会留下案底。
   • 酌定不起诉：当犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚时，人民检察院可以作出不起诉决定。这通常适用于犯罪情节较轻微的初犯、偶犯，或有自首、立功等情节的犯罪嫌疑人。虽然酌定不起诉最终没有对犯罪嫌疑人进行刑事处罚，但实际上是认定了其实施了犯罪行为。不过，在大多数情况下，这种不起诉决定不会留下正式的案底，但相关记录可能在公安机关的办案系统中存在并可被查询。
   • 证据不足不起诉：若人民检察院对于二次补充侦查的案件仍然认为证据不足，不符合起诉条件，则应作出不起诉决定。这意味着现有证据无法达到认定犯罪嫌疑人有罪的证明标准。原则上，若无新证据改变此状况，则不会直接留下案底。但若后续发现新的、足以证明犯罪的证据并重新启动诉讼程序判定有罪，则会产生案底。
   • 附条件不起诉（特别针对未成年人）：对于未成年人涉嫌特定类型的犯罪，如可能判处一年有期徒刑以下刑罚，符合起诉条件但有悔罪表现的，人民检察院可以作出附条件不起诉的决定。在考验期内，如果犯罪嫌疑人遵守规定，考验期满时，人民检察院应当作出不起诉的决定。在这种最终不起诉的情况下，未成年人不会留下案底。然而，如果在考验期内违反规定，检察院可能会撤销附条件不起诉决定并提起公诉，一旦被法院判定有罪，就会留下案底。

3. 实际应用中的指导意义：

   • 对于个人而言，了解犯罪轻微不予起诉与案底的关系具有重要意义。一方面，它可以消除个人因担心留下案底而产生的顾虑；另一方面，也有助于个人在面临类似情况时能够做出正确的应对和决策。
   • 如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议及时咨询我，以获取更具体、更专业的法律建议。

总结与建议： 犯罪轻微且检察院不予起诉的情况下，通常不会留下案底。但具体是否留有记录，还需根据不起诉的类型及案件实际情况来判断。如果您对此有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，请随时向我提问，我会根据您的具体情况给出更准确的法律意见。