核心结论：若已协商延期还款却仍被自动扣款，可按以下步骤处理：

1. 立即联系贷款机构
   首先需确认扣款原因，可能存在以下情况：

   • 系统延迟或操作失误：部分机构因系统更新或人工操作疏漏，未及时同步延期协议信息，导致仍按原还款计划扣款。此时需提供延期协议、沟通记录等证据，要求机构退还扣款并调整后续还款计划。
     
   • 协议条款争议：若延期协议中未明确约定“暂停自动扣款”，或约定了特定条件（如需提前X日通知停止扣款），而用户未履行，机构可能依据协议扣款。此时需核对协议条款，确认双方权利义务。
     
   • 第三方支付平台问题：若通过支付宝、微信等第三方绑定还款，可能因平台未及时更新信息导致扣款。需联系支付平台解除绑定或申请退款，同时通知贷款机构。
     

2. 保留证据并书面投诉

   • 证据收集：保存延期协议、沟通记录（如微信、邮件）、扣款凭证（银行流水）、通知机构停止扣款的记录等，证明已达成延期合意且机构存在过错。
     
   • 书面投诉：若口头沟通无果，可向机构发送书面投诉函（建议通过EMS邮寄并留存回执），明确要求退还扣款、调整还款计划，并设定合理答复期限（如7个工作日）。
     

3. 向监管部门求助
   若机构拒绝处理或拖延，可向当地银保监会（银行贷款）、地方金融监管局（小额贷款公司）或互联网金融协会（网贷平台）投诉，提交证据材料并说明情况。监管部门介入后，机构通常需在15-30日内反馈处理结果。

4. 法律途径

   • 起诉返还财产：若扣款金额较大且机构无合法依据，可依据《民法典》第985条（不当得利）向法院起诉，要求返还扣款并赔偿损失（如利息、维权成本）。
     
   • 主张违约责任：若机构行为构成违约（如未履行延期协议），可要求其承担继续履行、赔偿损失等责任。
     

温馨提示：

• 延期还款协议需明确约定“暂停自动扣款”“还款计划调整”等关键条款，避免口头约定。
  
• 定期检查绑定还款账户的余额，避免因扣款导致其他资金问题。
  

如有进一步疑问或需协助处理，可直接向我提问，我会结合具体协议内容为您分析。