交通行政主管部门通常不能直接适用《公路法》对市政道路违法行为进行处罚。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律适用范围：

   • 《公路法》主要规范的是公路的建设、管理、养护、使用等相关活动，其适用范围明确界定为公路领域。
   • 市政道路，作为城市基础设施的一部分，其规划、建设、管理通常遵循城市道路管理相关法规，而非《公路法》。

2. 执法主体与权限：

   • 交通行政主管部门在公路领域具有执法权，可以依据《公路法》对公路上的违法行为进行处罚。
   • 然而，对于市政道路，其执法主体通常是城市管理部门或相关市政管理机构，而非交通行政主管部门。这些机构依据城市道路管理相关法规进行执法。

3. 特殊情况与例外：

   • 在某些特定情况下，如市政道路与公路有交叉或重叠部分，或者市政道路承担了部分公路功能时，可能会涉及法律适用的交叉问题。但即便如此，也需要根据具体法律法规和实际情况进行判断，不能一概而论地适用《公路法》。
   • 另外，如果交通行政主管部门在特定情况下被授权或委托对市政道路进行管理，那么其可能在一定程度上拥有对市政道路违法行为的处罚权，但这需要明确的法律授权或委托协议作为依据。

4. 法律后果与建议：

   • 如果交通行政主管部门错误地适用《公路法》对市政道路违法行为进行处罚，可能会面临法律上的挑战和质疑，甚至可能导致处罚决定被撤销或变更。
   • 对于市民或企业而言，如果认为交通行政主管部门的处罚决定不当或违法，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

建议：在实际操作中，交通行政主管部门应明确自己的执法范围和权限，避免越权执法。同时，对于市政道路上的违法行为，应由相应的城市管理部门或市政管理机构依据相关法规进行处罚。如果市民或企业遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。