针对您提出的“不在抗菌药物备案怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《抗菌药物临床应用管理办法》的相关规定，医疗机构应当按照省级卫生行政部门制定的抗菌药物分级管理目录，制定本机构抗菌药物供应目录，并向核发其《医疗机构执业许可证》的卫生行政部门进行备案。这一备案过程包括了采购抗菌药物的品种、品规等信息。未经备案的抗菌药物品种、品规，医疗机构是不得进行采购的。
如果医疗机构采购了未备案的抗菌药物，将面临以下处理流程：
立案与调查：
- 卫生行政部门在通过检查发现、投诉、举报等途径得知医疗机构存在采购未备案抗菌药物的情况后，会进行立案调查。
- 调查过程中，会收集相关证据，包括采购记录、药品清单等，以确认医疗机构是否确实存在违规行为。
审查与告知：
- 卫生行政部门的法制机构会对调查材料进行审查，确认违规事实后，会书面告知医疗机构拟做出的行政处罚决定的事实、理由、依据及处罚内容。
- 同时，会告知医疗机构享有的陈述权、申辩权和听证权，确保其合法权益得到保障。
决定与送达：
- 卫生行政部门负责人会根据审查意见和医疗机构的陈述、申辩意见，作出给予行政处罚、销案、不予行政处罚或移送其他机关等处理决定。
- 行政处罚决定书会在宣告后当场交付医疗机构，如果医疗机构不在场，则会在七日内依照民事诉讼法的有关规定送达。
执行与监督：
- 医疗机构需要在法定期限内履行生效的行政处罚决定。如果医疗机构在法定期限内没有申请行政复议或提起行政诉讼，又不履行处罚决定的，卫生行政部门可以申请人民法院强制执行。
- 同时，卫生行政部门还会对医疗机构的抗菌药物采购和使用情况进行事后监管，确保其合规性。
针对您的情况，我建议您：
- 如果您是医疗机构的负责人或相关工作人员，应立即停止采购未备案的抗菌药物，并尽快向核发《医疗机构执业许可证》的卫生行政部门进行备案。
- 如果您已经因采购未备案抗菌药物而面临行政处罚，应积极配合卫生行政部门的调查和处理工作，按照要求履行相关义务，以减轻或避免更严重的法律后果。
此外，您还可以：
- 咨询当地卫生行政部门或相关法律机构，了解具体的备案流程和要求，确保医疗机构的抗菌药物采购和使用符合法规要求。
- 加强内部管理，建立完善的抗菌药物采购和使用制度，防止类似违规行为再次发生。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时联系我们。