关于“重大误解开庭超过90天怎么办”的问题，结论前置：这主要取决于案件的具体进展阶段以及是否超过了法定的审理期限，需分情况讨论。

1. 若案件仍在审理期限内：

   • 重大误解案件，作为民事案件的一种，其审理期限通常受到《民事诉讼法》的规范。根据该法，普通程序审理的案件，法院应在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月；还需要延长的，报请上级人民法院批准。因此，如果开庭超过90天但仍在上述审理期限内，那么案件的审理是合法的，当事人无需过于担心。
   • 在此情况下，当事人应耐心等待法院的判决，并可以积极准备相关证据和材料，以支持自己的主张。

2. 若案件已超过审理期限：

   • 如果开庭超过90天且已经明显超过了法定的审理期限，那么这可能涉及到法院审理超期的问题。根据《民事诉讼法》的相关规定，当事人有权向法院提出催告或申请上级法院监督，要求法院尽快作出判决。
   • 具体操作上，当事人可以先向承办案件的法院或法官了解案件进展情况，询问超期的原因。如果法院或法官未能给出合理解释或未能及时采取措施，当事人可以向上一级法院反映情况，请求上级法院对下级法院的审理工作进行监督和指导。

3. 关于重大误解的认定与处理：

   • 重大误解通常指的是当事人在订立合同时，对合同的重要内容产生误解，且这种误解是基于对事实的错误认识而产生的。如果法院最终认定存在重大误解，那么根据《民法典》的相关规定，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销合同。
   • 因此，在等待法院判决的过程中，当事人也可以考虑是否需要提出变更或撤销合同的请求，并准备相应的证据和材料来支持自己的主张。

4. 建议与注意事项：

   • 在整个过程中，当事人应保持与法院的沟通联系，及时了解案件进展情况。
   • 如果对法律程序或法律规定不熟悉，建议咨询专业律师（当然，我就是您身边的法律顾问，有问题可以直接向我咨询）以获取更具体的法律建议和指导。
   • 同时，当事人也应积极准备相关证据和材料，以支持自己的主张，并在必要时向法院提出合理的请求和申请。

总结来说，开庭超过90天并不一定意味着案件处理存在问题，关键在于是否超过了法定的审理期限。如果仍在审理期限内，当事人应耐心等待；如果已超过审理期限，当事人有权向法院提出催告或申请上级法院监督。在整个过程中，保持与法院的沟通联系并积极准备相关证据和材料是非常重要的。