核心结论：车辆被撞且对方全责的情况下，停运损失一般由对方（即全责方）承担，与选择和保险公司协商维修还是全损并无直接关联。不过，具体赔偿情况还需结合事故细节、保险条款以及相关法律规定来综合判断。以下为你详细分析：
停运损失的赔偿主体
- 根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条，因道路交通事故造成依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。所以，在对方全责的情况下，停运损失原则上应由对方承担。
- 但在实际处理中，如果对方车辆投保了相应的商业险（如第三者责任险），且保险条款中没有明确将停运损失列为免赔范围，那么保险公司可能会在保险责任限额内对停运损失进行赔偿。不过，很多保险公司的商业险条款会将停运损失列为免赔项目，此时就需要由对方个人来承担这部分损失。
协商维修与全损对停运损失赔偿的影响
- 协商维修：如果选择协商维修，那么停运损失的计算期间一般是从事故发生之日起至车辆维修完毕可以正常投入运营之日止。在这期间，你需要提供相关的证据来证明停运损失的具体金额，比如近期的运营收入记录、维修厂出具的维修时间证明等。
- 全损：若车辆被认定为全损，停运损失的计算可能会相对复杂一些。一般来说，停运损失的计算期间是从事故发生之日起至车辆处理完毕（如完成理赔、车辆过户等手续）之日止。同样，你也需要提供充分的证据来支持你的停运损失主张。
实际操作中的注意事项
- 及时取证：在事故发生后，要及时收集和保留与停运损失相关的证据，如运营合同、收入凭证、维修发票、维修时间证明等。这些证据将对你主张停运损失赔偿起到关键作用。
- 与对方和保险公司沟通：在处理事故过程中，要与对方和保险公司保持密切沟通，明确表达你对停运损失赔偿的要求，并了解他们的赔偿意愿和流程。
- 寻求法律帮助：如果与对方和保险公司在停运损失赔偿问题上无法达成一致，你可以考虑通过法律途径来解决纠纷。在诉讼过程中，法院会根据你提供的证据和相关法律规定来判决停运损失的赔偿金额。
举例说明：假设你是一名出租车司机，车辆在3月11日被对方全责撞毁，你选择协商维修，车辆在维修厂维修了20天。在这20天里，你无法正常运营出租车，产生了停运损失。如果你能提供近期的运营收入记录，证明你平均每天的收入是500元，那么你可以向对方或保险公司主张10000元（20天×500元/天）的停运损失赔偿。
建议：在处理此类事故时，建议你先与对方和保险公司协商解决停运损失赔偿问题。如果协商无果，再考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。